[发明专利]一套适于不结球白菜品种核酸指纹数据库构建的核心SNP标记及其应用

摘要

本发明公开了一套适于不结球白菜品种核酸指纹数据库构建的核心SNP标记及其应用。本发明基于10个白菜核心资源的重测序，发掘了白菜全基因组的序列变异，筛选了一套适于不结球白菜品种核酸指纹数据库构建的62组SNP核心引物。本发明的62组SNP核心引物具有较高的多态性信息量、最小等位基因频率和较低的期望杂合度，能够准确对124份商业品种进行鉴别，并且基因分型结果稳定。本发明提供的SNP位点和检测方法可应用于不结球白菜的遗传多样性分析和品种核酸指纹库构建等研究，为新品种的特异性、一致性、稳定性检测体系的建立和新品种保护提供技术支持。同时，可建立对不结球白菜品种的高通量、低成本和标准化的检测体系。

主权项

1.检测不结球白菜基因组中的62个SNP位点的物质在如下任一中的应用：(1)不结球白菜品种进行基因分型；(2)构建不结球白菜DNA指纹数据库；(3)不结球白菜种质资源遗传多样性分析和/或进化分析和/或聚类分析；(4)鉴别或辅助鉴别不结球白菜品种；(5)检测任意两个不结球白菜的相似性；所述62个SNP位点如下：所述SNP位点1为A01染色体上的第4878177位核苷酸；所述SNP位点2为A01染色体上的第9716212位核苷酸；所述SNP位点3为A01染色体上的第11039761位核苷酸；所述SNP位点4为A01染色体上的第17311260位核苷酸；所述SNP位点5为A01染色体上的第22449302位核苷酸；所述SNP位点6为A01染色体上的第26752589位核苷酸；所述SNP位点7为A02染色体上的第751652位核苷酸；所述SNP位点8为A02染色体上的第6431221位核苷酸；所述SNP位点9为A02染色体上的第11181828位核苷酸；所述SNP位点10为A02染色体上的第14369430位核苷酸；所述SNP位点11为A02染色体上的第16465013位核苷酸；所述SNP位点12为A02染色体上的第23174443位核苷酸；所述SNP位点13为A02染色体上的第26812976位核苷酸；所述SNP位点14为A03染色体上的第128271位核苷酸；所述SNP位点15为A03染色体上的第4471683位核苷酸；所述SNP位点16为A03染色体上的第5450320位核苷酸；所述SNP位点17为A03染色体上的第12523505位核苷酸；所述SNP位点18为A03染色体上的第15431305位核苷酸；所述SNP位点19为A03染色体上的第19649018位核苷酸；所述SNP位点20为A03染色体上的第24127049位核苷酸；所述SNP位点21为A03染色体上的第28629888位核苷酸；所述SNP位点22为A04染色体上的第1833604位核苷酸；所述SNP位点23为A04染色体上的第9741929位核苷酸；所述SNP位点24为A04染色体上的第11311194位核苷酸；所述SNP位点25为A04染色体上的第13764622位核苷酸；所述SNP位点26为A05染色体上的第1283352位核苷酸；所述SNP位点27为A05染色体上的第6796365位核苷酸；所述SNP位点28为A05染色体上的第8088873位核苷酸；所述SNP位点29为A05染色体上的第14441564位核苷酸；所述SNP位点30为A05染色体上的第17810370位核苷酸；所述SNP位点31为A05染色体上的第19009544位核苷酸；所述SNP位点32为A05染色体上的第22895070位核苷酸；所述SNP位点33为A06染色体上的第18887位核苷酸；所述SNP位点34为A06染色体上的第6403261位核苷酸；所述SNP位点35为A06染色体上的第16193195位核苷酸；所述SNP位点36为A06染色体上的第18685199位核苷酸；所述SNP位点37为A06染色体上的第20833714位核苷酸；所述SNP位点38为A06染色体上的第24717886位核苷酸；所述SNP位点39为A07染色体上的第246275位核苷酸；所述SNP位点40为A07染色体上的第6101124位核苷酸；所述SNP位点41为A07染色体上的第11498098位核苷酸；所述SNP位点42为A07染色体上的第14747998位核苷酸；所述SNP位点43为A07染色体上的第18060124位核苷酸；所述SNP位点44为A07染色体上的第20112319位核苷酸；所述SNP位点45为A08染色体上的第240722位核苷酸；所述SNP位点46为A08染色体上的第8933259位核苷酸；所述SNP位点47为A08染色体上的第16162051位核苷酸；所述SNP位点48为A08染色体上的第18668405位核苷酸；所述SNP位点49为A08染色体上的第20716882位核苷酸；所述SNP位点50为A09染色体上的第165179位核苷酸；所述SNP位点51为A09染色体上的第583658位核苷酸；所述SNP位点52为A09染色体上的第4354836位核苷酸；所述SNP位点53为A09染色体上的第5122605位核苷酸；所述SNP位点54为A09染色体上的第11056315位核苷酸；所述SNP位点55为A09染色体上的第26520788位核苷酸；所述SNP位点56为A09染色体上的第30448774位核苷酸；所述SNP位点57为A09染色体上的第34559009位核苷酸；所述SNP位点58为A09染色体上的第37047265位核苷酸；所述SNP位点59为A10染色体上的第8425118位核苷酸；所述SNP位点60为A10染色体上的第12134922位核苷酸；所述SNP位点61为A10染色体上的第13859895位核苷酸；所述SNP位点62为A10染色体上的第15835648位核苷酸。