[发明专利]一套适于不结球白菜品种核酸指纹数据库构建的核心SNP标记及其应用

说明书

本发明公开了一套适于不结球白菜品种核酸指纹数据库构建的核心SNP标记及其应用。本发明基于10个白菜核心资源的重测序，发掘了白菜全基因组的序列变异，筛选了一套适于不结球白菜品种核酸指纹数据库构建的62组SNP核心引物。本发明的62组SNP核心引物具有较高的多态性信息量、最小等位基因频率和较低的期望杂合度，能够准确对124份商业品种进行鉴别，并且基因分型结果稳定。本发明提供的SNP位点和检测方法可应用于不结球白菜的遗传多样性分析和品种核酸指纹库构建等研究，为新品种的特异性、一致性、稳定性检测体系的建立和新品种保护提供技术支持。同时，可建立对不结球白菜品种的高通量、低成本和标准化的检测体系。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一套适于不结球白菜品种核酸指纹数据库构建的核心SNP标记及其应用。

背景技术

不结球白菜俗称青菜、小白菜、又称油菜，起源于中国，现今已逐渐成为了一种世界性的蔬菜作物。小白菜性喜冷凉，又较耐低温和高温，一年四季均可种植、上市，在蔬菜的周年供应中占据极为重要的地位。近几年，随着不结球白菜种植面积的逐年扩大，品种数目也急剧增多。频繁使用少数骨干自交系使得新品种的遗传基础日益狭窄，品种间相似程度高，并存在很多假冒伪劣品种或衍生、派生品种。如何高效进行品种管理，保护生产者和育种家的权益已成为当前不结球白菜产业发展面临的主要难题之一。基于新一代SNP分子标记，建立不结球白菜品种核酸指纹数据库，是开展不结球白菜品种真实性和纯度鉴定的基础。

2011年白菜基因组测序，继而完成了多份白菜作物核心种质的重测序工作，建立了白菜遗传变异的大数据，为开发覆盖全基因组的SNP和InDel等特异分子标记奠定了重要基础。与此同时，高通量基因分型技术也得到了快速发展，我国多家企事业单位引进了高通量基因分型的技术和平台，为开展多位点、多样品的分子检测工作提供了重要支撑。总之，目前我国在高通量测序和基因分型方面的研究成果，为开展白菜及其它蔬菜作物DNA指纹鉴定技术提供了前所未有的机遇。

新一代SNP分子标记是基因组上单个核苷酸变异形成的遗传标记，其数量数以万计，分布广泛。常见的SNP遗传标记是一种二等位基因的标记，不用分析片段的长度，它与被广泛应用的SSR标记技术相比具有明显优势：①遗传变异稳定；②适于高通量规模化筛选和易于准确基因分型，无论是英国LGC(Laboratory of the Government Chemist政府化学家实验室)有限公司的基于竞争性等位基因特异性PCR(KASPar)技术还是Taqman技术均可以实现SNP的低成本、高通量分型检测，而且检测结果可视化、数据化、更加稳定可靠；③对于分析两个等位变异材料，不需要参照品种或标准品种；④在样品DNA的使用量上，LGC公司的KASPar技术仅需要ng级的DNA，而且适用于多个方法提取的DNA(包括NaOH法等快速提取方法)，可以实现全程高通量检测分型。

在国际上，SNP指纹鉴定技术已被孟山都、先锋、国际种业联盟ISF等机构广泛应用于玉米、小麦和蔬菜等多个重要作物的身份鉴定。但我国还没有利用SNP标记技术进行不结球白菜DNA指纹数据库构建和品种鉴定的有关报道。本研究采用KASPar技术，利用62对SNP核心引物对124个不结球白菜品种进行基因分型，获得了不同品种的SNP分型数据；利用GGT2.0对上述数据进行分析，形成了各个品种的SNP指纹代码；进而使用PowerMarkerV3.25和MEGA6.06软件对不同品种进行聚类分析，结果可以将这些品种完全分开。本研究构建的白菜品种SNP指纹图谱数据库，为建立白菜品种特异性、一致性及纯度的鉴定技术体系提供了基础依据。

发明内容

本发明的一个目的是提供一种不结球白菜基因组中的62个SNP位点或检测不结球白菜基因组中的62个SNP位点的物质的新用途。

本发明提供了不结球白菜基因组中的62个SNP位点或检测不结球白菜基因组中的62个SNP位点的物质在如下任一中的应用：

(1)不结球白菜品种进行基因分型；