[发明专利]一种四倍体野生稻中涉及逆转座子插入的直向同源基因验证方法

摘要

本发明公开了一种四倍体野生稻中涉及逆转座子插入的直向同源基因验证方法。根据两种假定进行引物位置设计，是本发明能够成功的重要一步；由于该四倍体中两个直向同源基因编码区序列相似性高达97.8%，通过优化设计的合理的引物序列使PCR反应只扩增目标的J16h8基因相关片段，而不扩增其直向同源基因（J16j7）是本发明成功的关键。根据特异引物扩增产物测序结果断定，该重复序列的插入并没有影响J16h8基因的转录。本发明所设计的引物及相关试验方法解决了涉及转座子或逆转座子插入的四倍体中直向同源基因结构验证的困难，在多倍体基因注释、基因功能研究领域具有比较重要的指导作用。

主权项

一种四倍体野生稻中涉及逆转座子插入的直向同源基因验证方法，其特征在于：根据两种假定进行特异引物设计，假定1：J16h8确实是由逆转座子活动而产生的融合有逆转座子编码区的新基因，可以将逆转座子编码的外显子序列及相邻的原基因外显子序列作为模板进行上下游特异引物设计；假定2：J16h8的基因结构与CC亚组中的直向同源基因J16j7结构相同，J16h8中的逆转座子相关序列在转录加工过程中被拼接除去，因而该逆转座子对宿主基因的转录没有影响，这种情况下以插入位点两侧的外显子序列为模板进行特异引物设计。