[发明专利]一种缺失蛋白质相互作用关系补足方法和装置

摘要

本发明公开了一种缺失蛋白质相互作用关系补足方法和装置，包括S1，特征转换模块接收服务器采集的高通量筛选数据集合，将高通量筛选数据集合转化为蛋白质集合的特征向量集合，并将特征向量集合存储到数据模块；S2，数据模块存储由特征转换模块转化的蛋白质特征向量集合以及存储相互作用率计算模块计算的蛋白质相互作用率矩阵；S3，相互作用率计算模块特征向量集合，执行蛋白质相互作用率矩阵构造过程，并将构造完成的蛋白质相互作用率矩阵存入数据模块；S4，补足模块接收到服务器对蛋白质二元组之间进行补足的指令后，根据数据模块的相互作用率存储单元中存放的蛋白质相互作用率矩阵，对蛋白质二元组之间缺失的相互作用关系进行补足。

主权项

一种缺失蛋白质相互作用关系补足方法，其特征在于，包括如下步骤：S1，特征转换模块接收服务器采集的高通量筛选数据集合，执行特征转换过程，将高通量筛选数据集合转化为蛋白质集合的特征向量集合，并将特征向量集合存储到数据模块；S2，数据模块存储由特征转换模块转化的蛋白质特征向量集合以及存储相互作用率计算模块计算的蛋白质相互作用率矩阵；S3，相互作用率计算模块根据数据模块存储的特征向量集合，执行蛋白质相互作用率矩阵构造过程，并将构造完成的蛋白质相互作用率矩阵存入数据模块；S3‑1，从数据模块的特征向量存储单元中取出蛋白质特征向量集合R；S3‑2，根据蛋白质特征向量集合R涉及的蛋白质集合P，构造|P|行，|P|列的空白矩阵C；S3‑3，对于ra的每一元素ra(b)，令其对应蛋白质b，对蛋白质二元组(a,b)，根据其特征向量ra和rb，对蛋白质相互作用率矩阵C，计算蛋白质相互作用率Ca,b和Cb,a；对蛋白质二元组(a,b)，根据其特征向量ra和rb，对蛋白质相互作用率矩阵C，计算蛋白质相互作用率Ca,b和Cb,a，以如下公式表示：ca,b=cb,a=11+e-<ra,rb>(||ra||+β)(||rb||+β),]]>其中，<ra,rb〉表示求特征向量ra和rb的内积，||ra||和||rb||表示对特征向量ra和rb求模，β表示饱和抑制参数，为大于1的正整数，上述公式是根据特征向量ra和rb，计算其向量相似性，然后使用sigmoid函数对相似性进行映射；S3‑4，判断是否处理完所有的蛋白质二元组，若处理完毕，则执行S3‑5，否则，执行S3‑3；S3‑5，将C存储至数据模块的相互作用率存储单元；S4，补足模块接收到服务器对蛋白质二元组之间缺失的相互作用关系进行补足的指令后，根据数据模块的相互作用率存储单元中存放的蛋白质相互作用率矩阵，执行缺失蛋白质相互作用关系补足过程，对蛋白质二元组之间缺失的相互作用关系进行补足；S4‑1，接收服务器对蛋白质二元组(a,b)间缺失的相互作用关系进行补足的指令；S4‑2，从数据模块的相互作用率存储单元中取出蛋白质二元组(a,b)的相互作用率；S4‑3，对蛋白质二元组(a,b)间缺失的相互作用关系进行补足；对蛋白质二元组(a,b)间缺失的相互作用关系进行补足，以下述公式表示：其中，za,b和zb,a表示蛋白质二元组(a,b)间缺失的相互作用关系，γ表示判断阈值，为开区间(0,1)内的正数，表示对ca,b和γ之差进行向上取整，上述公式为，若蛋白质二元组(a,b)对应的相互作用率ca,b大于判断阈值γ，则认为蛋白质二元组(a,b)间存在尚未被发现的相互作用关系，并对其进行补足；若蛋白质二元组(a,b)对应的相互作用率ca,b小于判断阈值γ，则认为蛋白质二元组(a,b)间不存在尚未被发现的相互作用关系，并对其进行标记。