[发明专利]用于测量胃肠癌中的生物标记物的方法有效
申请号: | 201480076644.7 | 申请日: | 2014-12-30 |
公开(公告)号: | CN106103739B | 公开(公告)日: | 2019-12-06 |
发明(设计)人: | 陈文炜;村谷匡史;A·卡玛拉 | 申请(专利权)人: | 新加坡科技研究局 |
主分类号: | C12Q1/6886 | 分类号: | C12Q1/6886 |
代理公司: | 11270 北京派特恩知识产权代理有限公司 | 代理人: | 康艳青;姚开丽<国际申请>=PCT/SG |
地址: | 新加坡*** | 国省代码: | 新加坡;SG |
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摘要: | 本发明针对用于确定启动子活性的方法。本发明还描述了一种用于确定受试者的癌症易感性的方法以及用于检测受试者的癌症的生物标记物。 | ||
搜索关键词: | 用于 测量 胃肠 中的 生物 标记 方法 | ||
【主权项】:
1.用于得到至少一个启动子的每百万每千碱基读段数RPKM值或每百万每千碱基片段数FPKM值的试剂在制备用于确定所述至少一个启动子在癌症生物样品中相对于在非癌症生物样品中的存在或活性的试剂中的用途,其中,确定所述至少一个启动子在所述癌症生物样品中相对于在所述非癌症生物样品中的存在或活性包括以下步骤:/n针对从所述非癌症生物样品获得的参比核酸,对从所述癌症生物样品获得的包含至少一个启动子序列的分离的核酸进行映射,从而得到所述至少一个启动子的RPKM值或FPKM值;及/n使用所述RPKM值或FPKM值确定所述核酸中至少一个启动子序列相对于所述参比核酸序列中至少一个启动子的活性的差异活性,/n其中确定所述至少一个启动子序列的所述差异活性的步骤包括确定针对在从所述癌症生物样品获得的所述核酸中的所述至少一个启动子的RPKM值或FPKM值:/ni)相对于从所述非癌症生物样品获得的所述参比核酸中的所述至少一个启动子的RKPM值或FPKM值,超过1到20倍的平均RKPM值或FPKM值变化;及/nii)相对于从所述非癌症生物样品获得的所述参比核酸中的所述至少一个启动子的RKPM值或FPKM值,超过0.1RPKM或FPKM范围;/n其中所述癌症是胃癌;并且/n其中所述核酸是通过染色质免疫沉淀而从所述癌症生物样品分离的,其中所述核酸包含所述至少一个启动子,所述染色质免疫沉淀是通过对修饰的组蛋白特异的抗体实现的,所述修饰的组蛋白包含选自由H3K4me3及H3K27ac构成的组的至少一种组蛋白修饰。/n
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