[发明专利]一种菠萝基因表达的芯片检测方法

摘要

本发明提供一种菠萝基因表达的芯片检测方法：提取菠萝不同组织、不同时期的RNA，收集了整个生育期的基因表达信息；将收集到的RNA混合进行测序，获得序列信息；根据获得的序列信息，设计芯片探针并点制芯片；最后将标记好的实验样品RNA与芯片杂交，高通量地检测表达的RNA。以后根据自身实验需要可以用芯片检测自己的样品获得高通量的基因表达的信息。本发明中的芯片包含了菠萝不同组织和不同发育时期基因表达的所有信息即共包括80955个基因，用该芯片杂交一次可以同时检测出上述8万多个基因的表达情况，方法简便，效率非常高，实验稳定，同时价格便宜。

主权项

一种菠萝基因表达的芯片检测方法，其特征在于，它包括如下步骤：(1)提取菠萝根、茎、叶片、花、果实、顶芽等不同组织以及营养生长、生殖转化和生殖发育不同时期的RNA，收集了整个生育期的基因表达信息；(2)将收集到的RNA等量混合用Illumina Solexa Hiseq2000进行测序，获得了81129条unique基因序列；(3)根据获得的序列信息，利用Agilent的在线探针设计软件e‑array进行芯片探针设计，设计格式为4*180K，探针长度为60mer，共有80955条unique基因序列设计成功，每条序列有两个重复探针，芯片上还包含了4854条Agilent质控探针，将设计好的探针设计方案提交Agilent公司进行芯片生产；(4)将实验样品RNA被荧光标记后与芯片杂交，通过扫描荧光信号，归一化处理，高通量地检测表达的RNA；(5)根据自身实验需要可以用芯片检测菠萝RNA样品，获得高通量的基因表达的信息。