[发明专利]基于高通量分型的高密度遗传图谱的构建和评价

摘要

本发明提出一种基于高通量分型的高密度遗传图谱HighMap构建方法，包括步骤：1）通过高通量测序方法对遗传分离群体标记开发和分型；2）对两两标记进行遗传连锁检验，划分连锁群；3）利用SGS算法线性排序并计算遗传距离，利用KNN算法对样品分型数据中的分型错误和分型缺失进行纠错和补缺失；4）对所构建图谱进行准确性评估，运用可视化方法直观展现图谱质量。本发明提出的HighMap构建方法通过分型纠所错有效消除高通量测序分型带来的分型错误和分型缺失，显著提高了所构建图谱的准确性；采用SGS排序算法，排序速度快，可完成单个连锁群超过1,000标记的高密度图谱构建，作图效率显著提升；对原始分型数据的要求进一步降低，对分型错误的容忍度大大提升。

主权项

一种基于高通量分型的高密度遗传图谱构建方法，包括步骤:1）通过高通量测序方法对遗传分离群体进行全基因组标记开发和分型，获得遗传分离群体的基因分型数据；2）对两两标记进行遗传连锁检验，将分子标记划分为不同的连锁群，与目标物种的染色体建立对应关系；3）利用SGS算法获得每个连锁群内标记的线性排序并计算相邻位点之间的遗传距离，基于SGS算法得到的标记顺序，利用KNN算法进行纠错和补缺失处理，终获得遗传图谱；4）从标记排序和遗传图距估计的准确性两个角度，对所构建的遗传图谱进行全面评估，通过可视化方法直观展示最终所得遗传图谱的质量。