[发明专利]基于核苷酸位差的频谱3-周期性信噪比计算方法

摘要

本发明公开一种基于核苷酸位差的频谱3-周期性信噪比计算方法，属于生物信息学中的基因识别领域。所述信噪比计算方法首先要将DNA序列映射为4个指示序列，然后分别统计并记录4个指示序列里任意两个“1”出现位置之差，并把这些不同的距离值所出现的次数累积存储到一维数组中，再利用余弦函数的周期性，根据诱导公式，最终计算出该DNA序列的信噪比。本发明解决了对于给定的DNA序列，计算其信噪比效率不高的问题。

主权项

1.一种基于核苷酸位差的频谱3-周期性信噪比计算方法，其特征在于：主要包括记录各个核苷酸出现位置之差并累积统计到数组d[i]中和计算余弦函数周期并通过取余操作把数组d[i]进行重新归并两部分，其中：所述记录位差包括对DNA序列进行Voss映射、对指示序列中任何两个“1”之间的位差的记录、以及位差值的累积次数的统计，所述计算余弦函数周期t包括通过取余操作把使数组d[i]所有下标都落入[1,t]范围内，并把原有的值累积加到取余结果后所得的下标所对应的值当中；具体包括如下步骤：步骤1，记录DNA序列长度N；步骤2，对DNA序列进行Voss映射，得到四个指示序列{u_A[n]}、{u_G[n]}、{u_C[n]}、{u_C[n]}，分别记录每两个“1”在所述序列中的位置之间的距离，并把所有距离值出现的累积次数保存在数组d[i]中；步骤3，计算当k＝0时直接转到第4步即可），对于数组d[i]的下标只要不落入[1,t]范围内，都要进行取余操作，使数组d[i]所有下标都落入[1,t]范围内，并把原有的值累积加到取余结果后所得的下标所对应的值当中；步骤4，k≠0时，构造行向量L＝[d[1],d[2],…d[t]]和列向量Q=[cos(2π*kN),cos(2π*2kN),...cos(2π*tkN)]T,]]>k＝0时，构造行向量L=[d[1],d[2],...d[N]]]]>和列向量Q=[1,1,...1]T;]]>步骤5，利用公式P[k]＝N+2LQ计算整个DNA序列S的功率谱序列P[k]（k＝1,…,N-1）；步骤6，计算总功率谱的平均值为步骤7，计算信噪比