[发明专利]基于ARM微处理器的siRNA干扰效率预测新方法

摘要

本发明提供一种RNA干扰时预测siRNA干扰效率的方法，涉及生物信息学研究领域，其目的在于解决现有预测siRNA干扰效率方法中准确率不高的问题。本发明包括如下的步骤：将siRNA序列输入CPLD；按照特征提取规则表将siRNA序列重新编码，由于靶mRNA的序列和结构特征也对siRNA干扰效率有影响，故对siRNA序列编码的同时，也对靶mRNA进行编码；最后用随机森林模型进行siRNA干扰效率预测，在预测时首先用已知样本建立优化的模型，采用bootstrap抽样方法产生的OOB数据进行OOB估计，通过不断的调解模型的参数，使模型的泛化误差达到最小，然后再用优化的模型进行siRNA干扰效率预测。

主权项

基于ARM微处理器的siRNA干扰效率预测新方法，其特征在于包括下列步骤：1)进行siRNA序列预处理(siRNA序列是由A、U、G、C四种碱基组成的长度为19或21的一串字符)；2)进行siRNA干扰效率的预测。