[发明专利]一种基于GPU加速的化学结构多样性分析方法

摘要

一种基于GPU加速的化学结构多样性分析方法，包括：(a)读取存储设备中的查询库和被查询库中的化学结构连接表数据到主存储器；(b)将该数据分别分解为查询库和被查询库的化学环境编码的树状拓扑子图集，并存储在主存储器中；(c)将查询库和被查询库的化学环境编码的树状拓扑子图集分别与树状拓扑子图模板进行比较，以分别生成查询库和被查询库的二进制数据，并存储在主存储器中；(d)将查询库和被查询库的二进制数据从主存储器传输至帧缓存；(e)GPU从该帧缓存中读取该查询库和被查询库的二进制数据，并计算两者的相似度值；(f)将相似度值由帧缓存传输至主存储器中；(g)CPU从主存储器中读取相似度值，并输出至存储设备。

主权项

一种基于图形处理单元加速的化学结构多样性分析方法，所述方法包括：(a)采用中央处理单元读取存储设备中的查询库和被查询库中的化学结构连接表数据到主存储器；(b)将该查询库和该被查询库中的化学结构连接表数据分别分解为查询库化学环境编码的树状拓扑子图集和被查询库化学环境编码的树状拓扑子图集，并存储在主存储器中；(c)将所述查询库化学环境编码的树状拓扑子图集和所述被查询库化学环境编码的树状拓扑子图集分别与化学环境编码的树状拓扑子图模板进行比较，以分别生成查询库二进制数据和被查询库二进制数据，并存储在主存储器中；(d)将所述查询库二进制数据和所述被查询库二进制数据从所述主存储器传输至帧缓存；(e)采用图形处理单元从该帧缓存中读取所述查询库二进制数据和所述被查询库二进制数据，并计算两者的相似度值；(f)将所述相似度值由帧缓存传输至主存储器中；(g)采用中央处理单元从该主存储器中读取该相似度值，将它输出至存储设备。