[发明专利]通过PCR模拟和双S形方程式确定单峰熔解温度有效
申请号: | 201010194872.8 | 申请日: | 2010-04-16 |
公开(公告)号: | CN101882185A | 公开(公告)日: | 2010-11-10 |
发明(设计)人: | R·T·库尼克;T·特恩赫尔 | 申请(专利权)人: | 霍夫曼-拉罗奇有限公司 |
主分类号: | G06F19/00 | 分类号: | G06F19/00;G06F17/17;C12Q1/68 |
代理公司: | 中国专利代理(香港)有限公司 72001 | 代理人: | 权陆军;郭文洁 |
地址: | 瑞士*** | 国省代码: | 瑞士;CH |
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摘要: | 用于从熔解曲线数据确定DNA的熔解温度,Tm的系统和方法。所述的系统和方法也允许基于峰高的基因数量的定量确定。PCR模拟被用于完成获得的熔解曲线数据集的量化。该熔解曲线利用水平翻转和水平平移被变换,并且双S形方程式然后拟合所述数据。逆平移和逆水平翻转变换被应用到所述方程式中以产生基于方程式的熔解曲线数据集的解析。基于方程式的熔解曲线的解析然后被用于确定一阶导数(例如,Tm值)和峰高。 | ||
搜索关键词: | 通过 pcr 模拟 方程式 确定 单峰 熔解 温度 | ||
【主权项】:
一种确定DNA的熔解温度,Tm的方法,所述方法包括以下步骤:-用至少一对寡核苷酸引物扩增DNA的一部分;-将包括所述扩增的DNA的样品的温度改变一定温度范围内部分度数,并记录荧光信号的改变,以建立代表所述扩增的DNA样品的熔解曲线的数据集;-利用通过下述的处理模块从所述数据集中确定所述扩增的DNA样品的熔解温度:-接收代表DNA样品的熔解曲线的所述数据集,所述数据集包括表示成数据值序列{(X1,Y1),(X2,Y2)...(Xn-1,Yn-1),(Xn,Yn)}的复数个数据点,此处的X代表温度(T)值,Y代表荧光强度值;-确定拟合所述数据集的解析表达式;-通过取所述解析表达式对X的导数确定导数曲线;-确定对应于所述导数曲线的最大导数(dY/dX)值的值Xmax;以及-输出值Xmax,此处的值Xmax代表所述DNA样品的熔解温度,Tm。
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G06 计算;推算;计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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