[发明专利]一种EGFR基因突变检测液相芯片

摘要

本发明公开了一种EGFR基因突变检测液相芯片，主要包括有：针对EGFR基因的突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对：每种ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物组成；分别包被有特异的anti-tag序列的、具有不同颜色编码的微球，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；用于分别扩增出具有Exon 19、Exon 20和/或Exon 21的相应突变位点的目标序列的扩增引物。本发明所提供的检测方法与测序法的吻合率高达100％。所制备的EGFR基因突变检测液相芯片具有非常好的信号-噪声比，并且所设计的探针以及anti-tag序列之间基本上不存在交叉反应。

主权项

一种EGFR基因突变检测液相芯片，其特征是，主要包括有：(A)针对EGFR基因的突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对：每种ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物组成，所述tag序列选自SEQ IDNO.1～SEQ ID NO.24中的序列；所述特异性引物是：针对Exon 19突变型的特异性引物，该特异性引物分别来源于SEQ NO.26～SEQ ID NO.44中一种以上的碱基序列，或来源于SEQNO.73～SEQ ID NO.96中的一种以上的碱基序列，每种特异性引物的3’端来源于相应缺失区域3’端相邻的1～6个碱基，并能特异地识别相应的突变类型，和针对Exon 19野生型的特异性引物，该特异性引物来源于SEQ NO.25或其反向互补序列中的碱基序列，且其3’端含有每种需检测的突变型的缺失区域中特有的缺失碱基，并其与所有突变型的特异性引物互不相同；和/或针对Exon 20、来源于SEQ NO.45～SEQ NO.46或其反向互补序列中的碱基序列；和/或针对Exon 21、来源于SEQ NO.47‑SEQ NO.48或其互补序列中的碱基序列；针对Exon 20和Exon21的特异性引物的3’端的最后3位碱基中的一个碱基为突变位点；上述所有特异性引物的Tm值在52～58℃之间；(B)分别包被有特异的anti‑tag序列的、具有不同颜色编码的微球，所述anti‑tag序列选自SEQID NO.121～SEQ ID NO.144中的序列，且所述anti‑tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；(C)用于分别扩增出具有Exon 19、Exon 20和/或Exon 21的相应突变位点的目标序列的扩增引物。