[发明专利]制备肽文库的方法及其用途

摘要

在不同试验中筛选肽文库提供了同时研究细胞内信号通路、产生试剂深化对通路的了解和产生治疗的新形式的可能性。通过生长刺激作用、生长抑制作用或关键代谢通路的调节，多数(若非全部)生物活性肽(如肽类激素)在健康和疾病中都具有深远的影响。本发明涉及新的生物活性肽、鉴定这些肽的计算机模拟方法及包含这些肽的肽文库。

主权项

1.在基于计算机的系统中鉴定生物活性肽的方法，其使用基于二元支持向量机(SVM)的算法，所述方法包含步骤：a)训练SVM算法学会区分生物活性和非生物活性肽，所述训练包含步骤：a1)为一组带标签的已知生物活性肽和非生物活性肽生成49维度向量，每一维度源于对分子描述符值的计算，其中标签分别表明肽是生物活性的或非生物活性的；a2)将步骤a1)生成的向量数据转入基于SVM的算法，所述算法计算出最优超平面，其将分别对应于生物活性肽和非生物活性肽的向量分开；b)从公开可用的人类蛋白质数据库提供蛋白质序列；c)用计算法预测步骤b)提供的蛋白质序列的二级结构和切割位点；根据所述预测步骤，计算一组7个分子描述符，导致肽片段的生成；d)计算对应于步骤c)生成的肽片段理化性质的一组42个分子描述符；e)将来自步骤c)的计算值转化为0至1之间的标度值，为每一肽片段生成49维度向量的1至7维度，将来自步骤d)的计算值转化为0到1之间的标度值，为每一肽片段生成所述向量的8至49维度；f)将步骤e)生成的向量提交至在步骤a)中经过训练的SVM算法，测量每一向量到步骤a2)中计算出的超平面的距离；并g)根据步骤f)中测量的距离，将每一肽片段分类为生物活性肽或非生物活性肽。