[发明专利]一种基因组测序设备及其片段连接支架的构建方法和系统有效
| 申请号： | 200810218342.5 | 申请日： | 2008-12-12 |
| 公开（公告）号： | CN101504697A | 公开（公告）日： | 2009-08-12 |
| 发明（设计）人： | 朱红梅;单杲;倪培相;阮珏;王明伟;李瑞强;方晓东;王俊;杨焕明;汪建 | 申请（专利权）人： | 深圳华大基因研究院 |
| 主分类号： | G06F19/00 | 分类号： | G06F19/00;C12Q1/68 |
| 代理公司： | 深圳中一专利商标事务所 | 代理人： | 张全文 |
| 地址： | 518083广东*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明适用于基因工程领域，提供了一种基因组测序设备及其片段连接支架的构建方法和系统，所述方法包括下述步骤：将测序得到的正反向信息映射到片段连接群上；根据映射到片段连接群上的多对正反向信息计算各片段连接群之间的平均长度，作为各片段连接群之间的空位大小；根据计算得到的片段连接群之间的空位大小和片段连接群之间的正反向关系构建scaffold，得到完整的scaffold图。本发明实施例由于根据多对正反向信息计算各片段连接群之间的平均长度，作为各片段连接群之间的空位大小，从而大大提高了scaffold构建中片段连接群之间的空位大小的估计精度，可适用于测序读长较短的基因组测序技术以完成测序片段的拼接任务。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基因组 设备 及其 片段 连接 支架 构建 方法 系统 | ||
【主权项】：
1、一种片段连接支架构建方法，其特征在于，所述方法包括下述步骤：将测序得到的正反向信息映射到片段连接群上；根据映射到片段连接群上的多对正反向信息计算各片段连接群之间的空位大小平均长度，作为各片段连接群之间的空位大小；根据计算得到的片段连接群之间的空位大小和片段连接群之间的正反向关系构建片段连接支架，得到完整的片段连接支架图。
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