[发明专利]一种海岛棉EST－SSR标记的制备方法及应用

摘要

本发明属于棉花育种领域，涉及一种海岛棉EST－SSR引物序列的制备技术及应用，利用这些引物进行棉花遗传多样性的评价、分子遗传连锁构建和棉花重要性状的QTL定位。步骤包括：1)建立海岛棉品系Pima3－79纤维发育的cDNA文库，从单一序列中挑出占其中富含二、三、四、五或六核苷酸重复且长度≥10碱基的EST；2)设计SSR侧翼引物；3)从田间取基因型为AA、DD和AADD的棉种材料和亲本鄂棉22、Pima3－79以及BC₁群体植株的嫩绿叶片提取其总DNA；4)用设计的SSR引物扩增步骤3)所示的材料和群体；5)计算每对引物的多态性信息含量，并对步骤3)所示的基因型棉种材料作聚类和主坐标分析；6)将BC₁作图群体扩增的EST－SSR整合到种间遗传连锁图谱相应的连锁群上，并作棉花重要性状的QTL定位。结果显示，位于连锁群15的引物HAU033与籽指性状连锁，位于连锁群29的引物HAU100与单株铃数性状连锁；分别贡献了表型变异的7.41％和5.95％。

主权项

1、适用于基因型为AA、DD和AADD的来源于海岛棉的EST-SSR标记的制备方法，按照下列步骤：1)建立海岛棉品系Pima3-79纤维发育的cDNA文库，从单一序列中挑出占其中富含二、三、四、五或六核苷酸重复且长度≥10碱基的EST；2)设计SSR侧翼引物，所述的引物如附图1所示；3)从田间取如附图2所示的基因型为AA、DD和AADD的棉种材料和亲本鄂棉22、Pima3-79以及BC1群体植株的嫩绿叶片提取其总DNA；4)用所设计的SSR引物扩增步骤3)所示的材料和群体；5)计算每对引物的多态性信息含量，并对步骤3)所示的三个基因型的棉种材料进行遗传多样性的聚类分析和主坐标分析；6)将BC1作图群体扩增的EST-SSR标记整合到种间遗传连锁图谱相应的连锁群上，并进行棉花重要性状的QTL定位。