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[发明专利]一组蛋白标志物在制备鉴别原发性肺腺癌与结直肠癌肺转移的试剂中的应用-CN202310839485.2在审
发明人：聂秀;郭天南;常晓娜;柳佳莹;钱鎏佳;吴钧华;范军;黄博 -专利权人：华中科技大学同济医学院附属协和医院
申请日： 2023-07-10 - 公布日： 2023-10-20 - 主分类号： G01N33/574 文献下载
摘要：本发明涉及一组蛋白标志物在鉴别原发性肺腺癌与结直肠癌肺转移的试剂中的应用，具体地，本发明涉及FABP1、MLPH或NARR在鉴别具有肠型或黏液分化特征的原发性肺腺癌与结直肠癌肺转移中的应用，本发明还涉及用于鉴别具有肠型或黏液分化特征的原发性肺腺癌与结直肠癌肺转移的试剂盒。本申请中，FABP1、MLPH或NARR的检测可对疑似患有肠型或黏液分化特征的原发性肺腺癌或结直肠癌肺转移的患者进行准确诊断，对于改善患者的预后具有重大意义，同时可以作为潜在的治疗靶点供后续研究。
一组蛋白标志制备鉴别原发性腺癌直肠癌转移试剂中的应用

[发明专利]一种用于监测CAR-T治疗之后CRS进程的临床标志物及其应用-CN202310257282.2在审
发明人：王兴兵;郭天南;王有名;孙瑞 -专利权人：安徽省立医院（中国科学技术大学附属第一医院）;西湖大学
申请日： 2023-03-17 - 公布日： 2023-10-17 - 主分类号： G01N27/62 文献下载
摘要：本发明涉及生物医学领域，具体涉及一种用于监测CAR‑T治疗之后CRS进程的临床标志物及其应用，通过载脂蛋白A‑1的表达来判断细胞因子释放综合症(CRS)进程，从而可以进行有效治疗并且开发新的治疗方法。本发明首次公开了APOA1用来监测CAT‑T治疗之后的细胞因子释放综合症(CRS)进程，并且通过质谱和生化检测发现了APOA1在细胞因子释放综合症(CRS)患者中炎症最重时表达最低而随着炎症恢复其表达也逐渐恢复到治疗前，和患者细胞因子释放综合症(CRS)进程有很好的一致性。这些结果提示APOA1在监测细胞因子释放综合症(CRS)时是重要的临床指标。
一种用于监测 car 治疗之后 crs 进程临床标志及其应用

[发明专利]蛋白组合在制备甲状腺乳头状癌风险辅助分层系统中的应用-CN202310089195.0有效
发明人：罗定存;李远慧;郭天南;吴凡;孙耀庭;张煜;时晶晶 -专利权人：杭州市第一人民医院
申请日： 2023-02-09 - 公布日： 2023-09-15 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明公开了一种蛋白组合在制备甲状腺乳头状癌风险辅助分层系统中的用途，其特征在于：所述蛋白组合为以下六个蛋白的组合：DPP7、DPLIM3、COL12A1、CTSL、TUBB2A和ITGB5。本发明通过蛋白质组学及人工智能实现对PTC高中低危风险的准确分层，其中筛选的有差异特征蛋白可以对PTC肿瘤发生发展的研究、通路机制的探究以及药物治疗提供新思路。
蛋白组合制备甲状腺乳头状风险辅助分层系统中的应用

[发明专利]前列腺癌预后预测模型构建方法、装置及存储介质-CN202310723222.5在审
发明人： 郭天南;杨成华;高旭;阿俊;孙瑞;王燕 -专利权人：西湖大学;中国人民解放军海军军医大学第一附属医院
申请日： 2023-06-16 - 公布日： 2023-09-12 - 主分类号： G16H50/30 文献下载
摘要：本申请提供一种前列腺癌预后预测模型构建方法、装置及存储介质。所述方法包括：获取多个初始前列腺癌样本；基于对初始前列腺癌样本的处理，对所述多个初始前列腺癌样本的第一特征标志物进行筛选，获得相对表达量高于第一预设值且出现次数不小于第二预设值的第二特征标志物；计算所述第二特征标志物的回归系数；基于所述第二特征标志物的相对表达量以及所述回归系数，构建前列腺癌预后预测模型。本申请实施例可以实现精准地预测前列腺癌患者的复发，有利于临床诊治过程中进行更加针对性的治疗和用药，避免过度治疗，对于前列腺癌的精准诊疗具有重大意义，同时可以作为潜在的治疗靶点供后续研究。
前列腺癌预后预测模型构建方法装置存储介质

[发明专利]一种基于压力的蛋白分子间亲和力的检测方法-CN202310109993.5在审
发明人： 郭天南;刘志伟;张芳菲 -专利权人：西湖大学
申请日： 2023-02-14 - 公布日： 2023-09-05 - 主分类号： G01N30/06 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于压力的蛋白分子间亲和力的检测方法。该方法基于随着压力增强，分子间相互作用力逐渐被破坏的原理，使用压力循环仪PCT提供不同的压力环境，之后使用体积排阻柱分馏和DIA质谱检测分析定量每个馏分中的分子信息，用于计算在不同压力下每个分子在不同馏分中分布的差异，从而推算出不同的分子间相互作用力的大小。该方法为含有蛋白的样本提供均一的能量，可以更稳定、更高效、更高通量地测量分子间亲和力。
一种基于压力蛋白分子亲和力检测方法

[发明专利]质谱数据质量程度或概率的控制系统、评估系统及方法-CN202310373091.2有效
发明人： 郭天南;朱怡;高欢欢;李艳涛;聂忠祥 -专利权人：西湖欧米（杭州）生物科技有限公司
申请日： 2023-04-10 - 公布日： 2023-07-25 - 主分类号： G01N30/86 文献下载
摘要：本发明主要关于质谱数据质量程度或概率的控制系统、评估系统及方法，评估系统包括：输入模块，输入质谱文件的机器标签、液相色谱系统特征和质谱系统特征；预处理模块，对所述液相色谱系统特征和质谱系统特征进行预处理并获得LC特征和MS特征；分析模块，将预处理后的各特征输入完成训练的分类模型并进行预测分类；输出模块，输出分类结果和总体结果，表征原始文件质谱数据的LC质量和MS质量。可以快速的提升质谱生成数据的质量和精度，实现相同仪器或相同项目在不同时间段进行不同数据采集的原始文件评估，全面解决人为标记的原始文件评估的不确定性和时间成本高企的缺陷，为用户提供对应的仪器故障问题的排查思路，实质性解决问题。
数据质量程度概率控制系统评估系统方法

[发明专利]一种融合靶向和非靶向的蛋白组学质谱分析方法-CN202310417919.X在审
发明人： 郭天南;蔡雪;葛伟刚 -专利权人：西湖大学
申请日： 2023-04-18 - 公布日： 2023-07-07 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明提供一种融合靶向和非靶向的蛋白组学质谱分析方法，通过非靶向蛋白组学获取多个目标蛋白，自多个目标蛋白中选择相对丰度较高的多肽离子作为目标多肽离子，针对这些目标多肽离子构建可变的、连续的、限定保护时间的隔离窗口后利用靶向蛋白组学进行定量分析，所获取的数据利用非靶向蛋白质组学分析软件进行分析，结合了靶向蛋白组学和非靶向蛋白组学各自的优势，相较于传统的非靶向蛋白组学而言实现了偏倚的数据采集，相较于传统的靶向蛋白组学而言又实现了单针几百个目标蛋白的靶向鉴定。
一种融合靶向蛋白组谱分析方法

[发明专利]一种甲状腺乳头状癌（PTC）风险辅助分层系统-CN202310090839.8有效
发明人：罗定存;郭天南;吴凡;孙耀庭;李远慧;张煜;时晶晶 -专利权人：杭州市第一人民医院
申请日： 2023-02-09 - 公布日： 2023-05-26 - 主分类号： G16H50/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种甲状腺乳头状癌（PTC）风险辅助分层系统，其特征在于，包括：数据采集模块、数据预处理模块、模型建立、练与验证模块、分层模块和数据库平台。本发明通过机器学习筛选特征蛋白以及特征临床变量，构建系统预测风险度模型实现蛋白质组学对PTC危险分层的价值，为PTC患者制定个性化治疗方案提供决策依据。
一种甲状腺乳头状 ptc 风险辅助分层系统

[发明专利]基于自注意力机制的双向肽段测序方法及应用-CN202211615090.6在审
发明人：栾钟治;郭天南;吴思宇;王群莹;何林璇 -专利权人：北京航空航天大学;西湖大学
申请日： 2022-12-15 - 公布日： 2023-03-28 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明提供一种基于自注意力机制的双向肽段测序方法及应用，包括：获取质谱原始数据，处理所述质谱原始数据得到肽段特征以及与所述肽段特征关联的二级碎片离子谱图：将所述肽段特征和所述二级碎片离子谱图输入到双向肽段测序模型中的双向独立测序模型中输出双向独立预测候选序列，将所述肽段特征和所述二级碎片离子谱图输入到双向肽段测序模型中的双向交互测序模型中输出双向交互预测候选序列，取所述双向独立预测候选序列和所述双向交互预测候选序列的并集作为最终候选序列；将所述最终候选序列再次输入到所述双向独立测序模型中进行评分，选取评分最高的肽段序列作为预测结果，进而实现可以脱离数据库而直接从实验产生的二级谱图及一级谱图的精确质量进行肽段序列的推断的效果，有利于新肽段蛋白的发现。
基于注意力机制双向肽段测序方法应用

[发明专利]针对肝功能指标正常新冠初治人群的肝损伤风险预测系统-CN202211141801.0在审
发明人：刘芳;包剑锋;黄劲松;刘寿荣;郭天南;李兆翌;张凤英;陈健 -专利权人：杭州市西溪医院
申请日： 2022-09-20 - 公布日： 2023-02-24 - 主分类号： G16H50/30 文献下载
摘要：本发明公开一种针对肝功能指标正常新冠初治人群的肝损伤风险预测系统，本发明构建的COVID‑19肝损伤预测系统整合了ANGL3和性别2个关键因素，这2个关键因素在临床实践中很容易测量获得。本发明基于Cox模型构建了Nomogram图，该图可为每一位患者创建个体化肝损伤发生率统计预测图，适用于任何临床诊疗场景的风险概率预测。一方面可以筛选出COVID‑19肝损伤高发人群，为是否适用具肝毒性抗病毒药物的患者提供临床用药指导；另一方面，可以通过COVID‑19肝损伤的风险预测，制定更加个体化的肝功能监测方案。
针对肝功能指标正常新冠初治人群损伤风险预测系统

[发明专利]基于肠道微生物菌群的病症信息处理方法、装置及电子设备-CN202211254000.5在审
发明人： 郭天南;郑钜圣;陈裕明;孙莹莹;梁爽 -专利权人：西湖大学
申请日： 2022-10-13 - 公布日： 2023-01-17 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本申请实施例提供了一种基于肠道微生物菌群的病症信息处理方法、装置及电子设备，其中，所述方法包括：获取待检测对象的肠道菌群标本，根据所述肠道菌群标本获取微生物的宏蛋白质组学数据；基于所述宏蛋白质组学数据确定所述肠道菌群标本所属功能肠型和/或菌群肠型的类别；基于所确定的功能肠型和/或菌群肠型，根据不同类别的肠型与疾病的关联关系生成所述待检测对象的肠道菌群标本所对应的病症信息。本申请实施例中，根据肠道菌群标本获取宏蛋白质组学数据，以根据其中的蛋白质信息确定出所属肠型的类别，蛋白质信息与疾病的关联关系更加密切、准确，从而能够提高基于肠型生成病症信息的准确率。
基于肠道微生物病症信息处理方法装置电子设备

[发明专利]蛋白组合在制备对儿童甲状腺癌进行预后分层的试剂盒中的用途及其试剂盒、系统-CN202211075844.3有效
发明人： 郭天南;张浩;孙耀庭;王志宏;王赫 -专利权人：西湖大学
申请日： 2022-09-05 - 公布日： 2023-01-06 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明涉及一种试剂盒，其包含蛋白组合。本发明还涉及蛋白组合在制备用于对儿童甲状腺乳头状癌的预后情况进行预测和分层的试剂盒中的用途。本发明还涉及一种对儿童甲状腺乳头状癌进行预后分层的系统，其包括检测蛋白组合的相对表达量的物质，以及数据处理装置和输出装置。本发明根据儿童青少年甲状腺乳头状癌样本的蛋白质定量数据，结合随机生存森林模型，仅需19个蛋白，可以以0.85的一致性指数，对患者术后的复发情况进行预测，不但可以给出每个患者个性化的生存曲线，还可以根据模型对患者预后复发风险进行分层，分为高风险和低风险两组，从而个性化地辅助临床决策及随访方案。
蛋白组合制备儿童甲状腺癌进行预后分层试剂盒中的用途及其系统

[发明专利]一种蛋白质组合对甲状腺滤泡性肿瘤鉴别评估的试剂盒、系统-CN202211046085.8有效
发明人： 郭天南;孙耀庭;王赫 -专利权人：西湖大学
申请日： 2022-08-30 - 公布日： 2023-01-06 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明涉及一种试剂盒，其包含蛋白组合。本发明还涉及蛋白组合在制备用于对甲状腺滤泡性肿瘤鉴别评估的试剂盒中的用途。本发明还涉及一种对甲状腺滤泡性肿瘤鉴别评估的系统，其包括检测蛋白组合的相对表达量的物质，以及数据处理装置和输出装置。本发明根据成人甲状腺滤泡性腺瘤和滤泡癌样本的TMT标记蛋白质组数据，找到123种高度可信的蛋白侯选池，结合极端梯度提升模型，筛选出一种25个蛋白组合。依据此蛋白组合的蛋白定量数值，结合极端梯度提升模型，可以以0.9以上的AUC和85%以上的准确率，对甲状腺滤泡性肿瘤的良恶性进行鉴别评估，从而辅助临床医生进行临床决策。
一种蛋白质组合甲状腺滤泡性肿瘤鉴别评估试剂盒系统

[发明专利]脑脊液中蛋白标志物在制备诊断轻度认知功能损害的产品中的应用-CN202211200846.0在审
发明人：吴志英;郭天南;陶青青 -专利权人：浙江大学;西湖大学
申请日： 2022-09-29 - 公布日： 2022-12-20 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明提供了一种脑脊液中蛋白标志物在制备诊断轻度认知功能损害的产品中的应用，涉及生物技术领域。本发明提供的脑脊液中蛋白标志物在制备诊断轻度认知功能损害的产品中的应用，其中蛋白标志物包括SCRG1、B3GALNT1、IGHM、SHBG、MGP、GM2A、COL18A1、MAN2A2、PLTP、MGAT2、ART3、C16orf89、GALNT7、FRZB、CXCL16、CHRD、MAN1C1、PCSK1N和PCDHGC5中的至少一种。经发明人研究发现，以上19种蛋白具有作为轻度认知功能损害诊断标志物的潜力，将以上19种蛋白共同作为标志物，能够很好地鉴别出多种类型的神经退行性疾病。
脑脊液蛋白标志制备诊断轻度认知功能损害产品中的应用

[发明专利]血液中蛋白标志物在制备诊断轻度认知功能损害的产品中的应用-CN202211201569.5在审
发明人：吴志英;郭天南;陶青青 -专利权人：浙江大学;西湖大学
申请日： 2022-09-29 - 公布日： 2022-12-09 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明提供了一种血液中蛋白标志物在制备诊断轻度认知功能损害的产品中的应用，涉及生物技术领域。本发明提供的血液中蛋白标志物在制备诊断轻度认知功能损害的产品中的应用，其中蛋白标志物包括MMP9、SERPINA11、PI16、CRTAC1、MMRN1、C4B、C1RL和IGHV3‑35中的至少一种。经发明人研究发现，相较于非轻度认知功能损害患者，以上8种蛋白在轻度认知功能损害患者的血液中差异表达，具有作为轻度认知功能损害诊断标志物的潜力，进一步研究发现，将以上8种蛋白共同作为标志物，可高效地区分轻度认知功能损害和正常老年对照，大大方便了临床转化应用。
血液蛋白标志制备诊断轻度认知功能损害产品中的应用

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