本发明涉及大豆分子育种领域,具体涉及一种与大豆芽期耐低温相关的QTL、分子标记、扩增引物及应用。所述QTL位于大豆第9号染色体的38426868bp‑38983456bp区间,所述分子标记为SSR‑09‑1126,所述分子标记位于大豆第9号染色体的38701572bp‑38701609bp区间,所述分子标记为SSR‑09‑1126的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。所述分子标记SSR‑09‑1126可用于分子标记辅助选择育种以及挖掘相关功能基因,同时可以利用野生资源,拓宽栽培大豆的遗传基础。