本发明公开了一种用于氮化镓功放芯片的玻璃微流道散热器制备方法,该方法包括:准备至少3片可光刻玻璃圆片,分别为:A玻璃圆片、B玻璃圆片和C玻璃圆片;在A玻璃圆片上刻蚀TGV通孔,在B玻璃圆片上刻蚀微流道结构和B进出液口且两者之间通过分流网络连通,在C玻璃圆片上刻蚀C进出液口;对A玻璃圆片作实心电镀工艺,以得到TGV实心互连结构;分别在A玻璃圆片的下表面、B玻璃圆片的两侧表面和C玻璃圆片的上表面设置连接膜层;将A玻璃圆片、B玻璃圆片和C玻璃圆片依次键合形成复合圆片;复合圆片通过分片工艺获得单个微流道散热器,以通过可光刻玻璃实现高深宽比微流道,通过玻璃通孔互联(Through Via Glass,TGV)降低接触热阻,提高散热能力。