本发明涉及一种利用蓝藻生产咖啡酸的方法,步骤如下:(1)将相关基因片段插入质粒pBluescript II SK+内,制得重组空白质粒;(2)将核苷酸序列如SEQ ID NO.1所述的基因片段插入步骤(1)制得的重组空白质粒的EcoRI-PstI内切酶酶切位点之间,制得重组质粒;(3)将重组质粒转化集胞藻Synechocystis sp.PCC6803,制得转基因集胞藻;(4)将步骤(3)制得的转基因集胞藻扩大培养后,经提取,制得咖啡酸。本发明通过构建转集胞藻PCC6803同源重组载体,转化集胞藻获得了在添加前体物质对香豆酸的条件下能够生产咖啡酸的藻株,为咖啡酸的生产提供了新的途径。