本发明公开了一种新的等位基因分子标记及其在猪遗传育种中的应用和一种抗蓝耳病猪群体组建方法。通过设计靶向富含半胱氨酸清道夫受体1型M130基因(Scavenger receptor cysteine‑rich type 1 protein M130,M130)配体结合口袋LBP的sgRNA,引导cas9蛋白酶对LBP切割,诱导第5号同源染色体第63323077‑63323078处碱基位置的中间均插入T突变,形成T/T插入的纯合子基因,该基因分子标记出现的突变频率高达59.09%。由此,克服了基因编辑随机性大、无法获得突变基因完全一致的两个动物、没法在动物育种中应用的缺点。而本发明的技术方法已将上述基因分子标记成功引入大白猪10个家系的父本和母本中,构建抗蓝耳病大白猪育种群体,可培育基因一致的抗蓝耳病猪新品种/品系。