本发明提供了一种识别NNTA特异位点的基因、基因编辑系统及其应用,用于植物尤其是水稻基因打靶。本发明涉及生物技术和植物基因工程技术领域。所述基因具有SEQ ID No:1所示的核苷酸序列。本发明的基因是以模式作物水稻密码子为基础改造获得的,再经过化学合成而来。发明人从大量不同的基因中进行组合获得了在水稻中具有高剪切效率的识别NNTA的基因。本发明利用所获得的基因构建植物表达载体,构建水稻打靶载体,导入水稻细胞后造成水稻特异基因位点的DNA双链剪切,实现了水稻基因打靶,并且以高突变效率获得转基因水稻植株。