本发明涉及双色FISH用于筛查肺癌融合基因的方法及试剂盒,所述试剂盒包括两组双色探针,所述的两组双色探针是(1)ALK基因双色分离探针,(2)ALK-EML4双色融合探针;其中ALK为SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列,EML4为SEQ ID NO:2所示的核苷酸序列。本发明的肺癌相关融合基因FISH检测方法根据检测到的荧光信号判断是否存在所述肺癌相关融合基因。本法设计周全,操作简单,特异性和敏感性高,可以快速,准确,直观检测出肺癌相关ALK-EML4融合基因,检测结果准确可靠,从而可作为医师对肺癌进行精确分子分型的参考依据,适于大规模推广应用。