本发明公开了一种水稻温敏不育基因突变体tms18及其应用,所述水稻温敏不育基因突变体tms18的核苷酸序列包含序列表中SEQ ID No.1所示的核苷酸序列。发明人通过对TMS18的研究发现,其育性的改变与花粉外壁第二层的结构完整与否相关,并对该基因进行了深入研究,在研究过程中,发明人筛选中意外发现了温敏核不育突变体tms18,该突变体的育性受到不同温度的影响,并且在特定情况下可以恢复,更为重要的是,该突变体的育性敏感期与其他温敏不育基因都不同。该基因这一独特的特点可为两系的杂交育种提供新的理论依据与应用价值。