本发明公开了用于贝莱斯芽孢杆菌HCK2孢子表面表达的三质粒基因组编辑系统及其构建与应用,该基因编辑系统包括编辑载体pTN‑Cas9,以及编辑载体pTK‑GFP‑CotB、pTC‑RFP‑CgeA中的任意一种或者多种,其序列分别为SEQ ID NO.1‑3所示。本发明基因编辑系统可以精准、快速对贝莱斯芽孢杆菌HCK2基因组中的孢子蛋白基因进行同时编辑,且可通过高温处理消除质粒进行连续编辑,采用该编辑系统实现了对贝莱斯芽孢杆菌HCK2基因组进行编辑,实现两个荧光蛋白基因在孢子表面协同共表达,该基因编辑系统的构建为利用贝莱斯芽孢杆菌孢子作为纳米载体研制新型的生物制品奠定基础。