本发明公开了一种菌丝霉素蛋白的表达方法及其在抑痤疮丙酸杆菌中的应用。本发明将所得的菌丝霉素基因序列SEQ ID NO2连接到酵母表达载体pPicZα的α‑factor信号肽下游的多克隆位点,将构建好的重组表达载体转化到毕赤酵母GS115中,筛选出阳性重组菌;进而融合分泌表达所需的菌丝霉素蛋白。本发明首次发现菌丝霉素具有抑制痤疮丙酸杆菌的作用,可用于制备痤疮丙酸杆菌的抑菌剂;可进一步用于治疗痤疮等皮肤炎症,尤其是对目前难以治疗的由痤疮丙酸杆菌引发的痤疮等皮肤炎症具有良好的疗效。本发明将纯化后得到的菌丝霉素蛋白,以一定的浓度,再添加其他铺助成分,制备成外用制剂,用于治疗寻常性痤疮。