本发明公开了一种小麦穗长主效QTL紧密连锁的分子标记及其应用。本发明还提供了一种用于鉴定或辅助鉴定小麦穗长性状的引物组,为能够扩增得到如下DNA片段的引物组:所述DNA片段是以小麦基因组DNA为模板,采用如SEQ ID NO:1和2所示的qSL‑5A‑ID5引物对进行PCR扩增所得的DNA片段,以及采用如SEQ ID NO:3和4所示的qSL‑5A‑ID8引物对进行PCR扩增所得的DNA片段。以小麦基因组DNA为模板,采用上述引物组进行PCR扩增所得产物即为与小麦穗长性状相关的分子标记本发明可用于小麦穗长的分子标记,本发明为小麦产量性状分子育种提供优异基因资源和选择工具。