本发明涉及家禽疫病免疫控制技术,具体涉及一种鸭圆环病毒基因工程亚单位疫苗及其制备方法与应用。采用如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的引物组对截去核定位信号的目的Cap基因进行PCR扩增,构建含His标签的原核表达载体pET28‑cap,转入BL21(DE3)感受态细胞进行诱导表达,利用NI纯化树脂对cap蛋白进行纯化,对纯化后的变性cap蛋白进行复性后即可得抗原,与白油佐剂乳化制得疫苗。本发明通过设计截去核定位信号的Cap基因的引物,成功实现了cap蛋白的原核表达,并表现出良好的免疫原性,可用于鸭圆环病毒基因工程亚单位疫苗、卵黄抗体等产品的开发。