本发明公开了一种鉴别星洲红罗非鱼雌雄鱼的微卫星分子标记、试剂盒和快速鉴定方法。本发明首先通过构建星洲红全同胞罗非鱼家系及结合QTLseq连锁作图技术分析标记与表型关系,确定性别决定QTL区域,进一步设计微卫星引物,最终筛选出星洲红罗非鱼LG1染色体上与性别性状紧密连锁的微卫星标记‑SSR147微卫星分子标记引物,其序列分别如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示。通过应用性别决定区紧密连锁的微卫星分子标记引物SSR147开展雌雄鱼的筛选与鉴定,能够高效高准确率的鉴定星洲红罗非鱼的雌雄性别,从而能提高选育的准确性。因此本发明的研究能为开展星洲红罗非鱼全雄苗种生产奠定基础。