本发明提供一种用于乌鳢、斑鳢、杂交鳢性别和品种鉴定的通用分子标记,所述的分子标记能够检测雄性乌鳢和雄性斑鳢Y染色体上的特异核苷酸片段,其序列分别为SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2。本发明还提供一种鉴定乌鳢、斑鳢或杂交鳢的遗传性别和品种的方法,是使用PCR扩增引物来进行扩增上述特异核苷酸片段的全部或部分片段,根据扩增DNA条带大小和数量确定其性别和品种。本发明在筛选出乌鳢和斑鳢Y染色体中一段4‑5kb比较保守的雄性特异插入片段的基础上,设计了用于乌鳢、斑鳢、杂交鳢性别和品种鉴定的通用分子标记引物,该引物可对乌鳢、斑鳢或杂交鳢性别和品种进行快速准确地鉴定。