本发明涉及一种主动配电网分布式电源(Distributed Generation,DG)与有源滤波器(Active Power Filter,APF)协调控制系统,所述控制系统将有源配电网划分成若干区域电网,每个区域电网内至少包含一个DG,并在区域电网的公共并网点(Points of Common Coupling,PCC)处安装有APF,各DG与APF通过各自并网逆变器本地控制策略控制输出;所述控制系统包括DG与APF并网端本地控制器、DG源网复合控制器以及区域装置协调控制器。该技术方案可充分利用DG并网端剩余容量,改善PCC处电能质量,从而节省电能质量补偿装置的投资成本,并协调控制区域内DG与APF,降低DG的谐波补偿电流对其并网点处电能质量的干扰,提高主动配电网内各节点整体电能质量水平,具有良好的工程应用前景。