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[发明专利]一种单核细胞亚群用于诊断或治疗新冠感染后遗症的用途-CN202310685791.5在审
发明人：王健伟;任丽丽;刘怡玮;吴超;郭丽;黄岩谊;王建斌;曹彬;任仙文 -专利权人：中国医学科学院病原生物学研究所
申请日： 2023-06-09 - 公布日： 2023-09-29 - 主分类号： C12Q1/6883 文献下载
摘要：本发明生物医学技术领域，具体涉及制备用于诊断和/或治疗新型冠状病毒感染后遗症(long COVID)的技术和产品中的用途。从受试者获得外周血样品；确定样品中细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1C阳性(CDKN1C+)的非经典单核细胞比例，和比较受试者的CDKN1C+的非经典单核细胞比例与预定参考值；其中，预定参考值以健康人群体中CDKN1C+非经典单核细胞的比例的中位数为基础，且与预定参考值相比，样品中升高的CDKN1C+非经典单核细胞的比例显示受试者患有long COVID。本发明对对非经典单核细胞进行细胞功能实验和体外IL‑1β刺激实验的结果强调了对CDKN1C+非经典单核细胞以及对IL‑1β的阻断可作为long COVID治疗靶标的前景。
一种单核细胞用于诊断治疗感染后遗症用途

[发明专利]一种组织硬度预测模型的建立、组织硬度预测方法及装置-CN202310869014.6在审
发明人： 任仙文;甘锐 -专利权人：北京昌平实验室
申请日： 2023-07-14 - 公布日： 2023-09-29 - 主分类号： G16H50/50 文献下载
摘要：本文提供了一种组织硬度预测模型的建立、组织硬度预测方法及装置，模型建立方法包括：获取样本数据，样本数据包括多个组织样本的多个受配体特征及组织硬度；将受配体特征作为自变量，组织硬度作为因变量，建立组织硬度预测模型，组织硬度预测模型利用受配体权重表示自变量与因变量的关系；利用样本数据，训练组织硬度预测模型中的受配体权重，从而得到最终的组织硬度预测模型。利用组织硬度预测模型对待分析的组织硬度进行预测，利用受配体权重表征受配体结合的亲和力。本文能提高组织硬度预测精度及效率，同时还可提高受配体结合亲和力的确定效率及准确率。
一种组织硬度预测模型建立方法装置

[发明专利]单细胞类型检测方法、装置、设备和存储介质-CN201980000101.X有效
发明人：李辰威;刘宝琳;康博熙;刘烨丹;任仙文;张泽民 -专利权人：北京大学
申请日： 2019-01-29 - 公布日： 2023-05-23 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种单细胞类型检测方法、装置、设备和存储介质，所述方法包括：将参考数据输入表达熵模型，确定所述参考数据中每一类细胞包含的信息基因；所述参考数据包括N个单细胞中M个基因的表达谱数据集；所述表达熵模型通过训练所述参考数据得到；计算所述信息基因在所述每一类细胞中的出现概率；当接收到对待测单细胞进行检测获得的所述信息基因对应的表达量时，根据所述出现概率和所述表达量确定所述待测单细胞的细胞类型发明名称。本发明提升单细胞表达数据的分析效率和准确度，实现迅速准确检测细胞类型。
单细胞类型检测方法装置设备存储介质

[发明专利]一种细胞分割方法、装置、计算机设备以及可读存储介质-CN202310159234.X在审
发明人： 任仙文;钟韵山 -专利权人：北京昌平实验室
申请日： 2023-02-15 - 公布日： 2023-05-12 - 主分类号： G06V20/69 文献下载
摘要：本文涉及细胞分析技术领域，尤其涉及一种细胞分割方法、装置、计算机设备以及可读存储介质。所述方法包括，获取空间组学样本以及单细胞样本；获取所述空间组学样本的候选细胞中心；根据所述空间组学样本中每一标记物以及所述候选细胞中心的分布，得到所述空间组学样本中的初始细胞分割结果；根据所述初始细胞分割结果的标记物与所述单细胞样本的标记物的相似度，以及空间组学样本中标记物的距离得分，得到最终细胞分割结果。利用本文实施例，通过单细胞样本的标记物分布特征对空间组学样本中的细胞进行了分割，分割的准确性较高，基于单细胞数据弥补了空间组数据的不足，增强了空间组数据的生物学解释性。
一种细胞分割方法装置计算机设备以及可读存储介质

[发明专利]一种分析组织细胞成分的方法、装置及存储介质-CN202211436510.4在审
发明人： 任仙文;钟韵山;周子翔 -专利权人：北京昌平实验室
申请日： 2022-11-16 - 公布日： 2023-02-03 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本文涉及细胞分析技术领域，尤其涉及一种分析组织细胞成分的方法、装置及存储介质。所述方法包括，获取单细胞的特征矩阵；根据所述单细胞的特征矩阵以及细胞权重矩阵，生成组织特征矩阵；训练所述组织特征矩阵与检测得到的组织特征矩阵之间的损失函数，得到最终细胞权重矩阵，其中所述损失函数包括了越相似的细胞其在组织中的含量也相似的特性。利用本文实施例，通过反应了组织和其中细胞生物学特征的损失函数进行反卷积计算，可以得到组织中单细胞的占比含量，提高反卷积计算的分辨率至单个细胞级别。
一种分析组织细胞成分方法装置存储介质

[发明专利]基于单细胞转录组测序数据预测细胞空间关系的方法-CN202010038299.5有效
发明人：张泽民;任仙文;钟国杰 -专利权人：北京大学
申请日： 2020-01-14 - 公布日： 2022-09-09 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于单细胞转录组测序数据预测细胞空间关系的方法。所述方法包括：获取基于单细胞转录组测序数据的细胞‑细胞相互作用强度矩阵A的概率矩阵P；根据获取的所述细胞‑细胞相互作用强度矩阵A的概率矩阵P，重构细胞相互作用的三维空间结构；对于重构细胞相互作用的三维空间结构中的每个细胞，确定平均每个细胞与h个细胞相互作用的细胞间距离阈值，得到细胞间作用网络。本发明实施例提出的基于单细胞转录组测序数据预测细胞空间关系的方法，只需要单细胞转录组测序数据就可以预测细胞在三维空间中的相互作用，解决了现有技术中必须通过成像才能获得细胞空间关系的限制。
基于单细胞转录序数预测细胞空间关系方法

[发明专利]基于宏基因组学的病毒感染检测及鉴定方法-CN201510583787.3有效
发明人：金奇;任仙文;杨剑;胡永峰;杨帆 -专利权人：中国医学科学院病原生物学研究所
申请日： 2015-09-14 - 公布日： 2017-11-21 - 主分类号： C12Q1/70 文献下载
摘要：本发明提供一种基于宏基因组学的病毒感染检测鉴定技术。基于宏基因组学的病毒感染检测鉴定技术包括以下四个部分样本制备、高通量测序、生物信息学分析、结果复核。样本制备过程根据基于宏基因组学的病毒感染检测技术的要求和不同类型检测样本的特点从检测样本中有效提取或富集病毒核酸并建成可供二代测序仪使用的核酸库；高通量测序对样本制备步骤提供的核酸库进行测序以获得充分的高质量的核酸序列信息；生物信息学分析通过对高通量测序提供的大量、高质量核酸序列进行分析进而获得样本核酸提示的病毒组成信息；结果复核部分综合生物信息分析结果和其他信息如技术对照等进行全面研判，最终确定备选的感染病毒，并利用其他技术如PCR进行复核。
基于宏基病毒感染检测鉴定方法

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