本发明公开了一种节瓜种子大小相关的Indel标记及其应用,属于分子生物学技术领域。本发明提供了节瓜大种性状相关的Indel标记、特异性引物对及检测方法,所述Indel标记位于节瓜第10号染色体第15906420处碱基,在该处发生如SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的插入,同时在该处开发一对用于筛选种子大小的Indel标记(Indel 9),在本发明中,精细定位了于节瓜种子大小型紧密连锁的Indel标记,并通过该标记设计用于筛选种子大小的引物对,利用该引物(Indel 9)可以对节瓜种子的大小进行精确筛选,提高育种效率。