一种麻疯树Δ9脂肪酸脱氢酶及其编码基因、重组表达载体、宿主细胞与应用。该编码基因是具有SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列或由于遗传密码的简并性,不同于SEQ ID NO.:1但编码的氨基酸序列与SEQ ID NO.:1所编码的氨基酸序列相同的核苷酸序列,或在严格杂交条件下与上述任意一种核苷酸序列杂交,且编码具有活性的Δ9脂肪酸脱氢酶的核苷酸序列。该酶属于酰基-酰基载体蛋白脱氢酶,具有良好水溶性,可显著提高不饱和脂肪酸(C16:1Δ9,C18:1Δ9)产量。本发明还提供含有该基因核苷酸序列的可进行功能性表达的重组表达载体、含有该重组表达载体的真核生物宿主以及上述重组表达载体或含有该重组表达载体的真核细胞生物体及其子代在提高不饱和脂肪酸产量方面的应用。