本发明公开了一种丰原素合成代谢调控基因FenSr3及其应用,所述基因FenSr3的核苷酸序列为SEQ ID NO.1,该基因参与丰原素合成代谢调控,基因FenSr3可以应用在发酵生产抗菌脂肽丰原素中。本发明克隆到一种丰原素合成代谢调控基因FenSr3,该基因为一个与丰原素合成代谢相关的非编码RNA基因(FenSr3),是一个全新的用于丰原素合成代谢调控相关基因,该利用基因的缺失,构建基因敲除突变株,可以使得丰原素产量提高72%,生产的丰原素具有抑菌谱广、不易产生耐药性、安全可降解等特点,在食品领域广泛应用,具有巨大的经济效益和开发成为新型食品防腐剂的潜力。