本发明提供一种水稻耐盐基因及其分子标记和应用，属于植物基因工程技术领域。本发明通过连锁与全基因组关联联合分析定位出OsABCC12基因具有调控水稻耐盐性，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，编码区的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示；基于该基因开发出可检测耐盐水稻品种的分子标记OsABCC12‑E22‑1，对应的引物核苷酸序列分别如SEQ ID NO:4和SEQ IDNO:.5所示。本发明所述水稻耐盐基因OsABCC12能够降低水稻叶片Na+含量，提高叶片中K+/Na+，最终提高水稻分蘖期综合耐盐性，以此基因开发的分子标记，能够应用水稻耐盐分子育种。
本发明提供一种调控水稻粒型和叶色的去泛素化酶基因UBP5，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明还提供了水稻UBP5基因编码的蛋白质，其氨基酸序列如SEQ ID NO.3所示。实验证明，水稻去泛素化酶基因UBP5能够导致水稻叶片颜色和种子形状发生变化，本发明还发现水稻泛素化酶基因UBP5发生突变后，能够使水稻叶片呈现条纹状，籽粒变长，结实率变低，叶绿素总含量显著减少。本发明提供了UBP5基因及其突变体在水稻种质资源的遗传改良育种中的用途，具有较好的应用前景。
本发明公开了一种与水稻毛状体发育相关的蛋白GL3及其编码基因与应用，所述的蛋白氨基酸序列如SEQ ID NO:3所示，或者与SEQ ID NO:3所示的氨基酸序列具有相同功能的衍生蛋白。本发明还公开了所述蛋白的编码基因，含有所述编码基因的载体和宿主细胞，所述基因其核苷酸序列如SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2所示。本发明的水稻毛状体发育相关蛋白可用于调节水稻叶片和颖壳表面的毛状体数量。本发明的水稻毛状体发育相关蛋白在水稻无毛状体“光身稻”育种中具有广泛的应用前景。
