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[发明专利]一种基于测序的杂交鱼类基因重组分析方法及装置-CN202211445351.4在审
发明人：刘少军;任力;覃钦博;陶敏;张纯;汤陈宸;陈禹保;陈超;闫鹏程 -专利权人：湖南师范大学;武汉旭唐生命科技有限公司
申请日： 2022-11-18 - 公布日： 2023-01-20 - 主分类号： G16B25/00 文献下载
摘要：本发明实施例提供一种基于测序的杂交鱼类基因重组分析方法及装置，所述方法包括：接收杂交鱼类基因样本，并对基因样本进行测序，得到对应的测序数据；根据测序数据的测序类型确定对应的比对软件及识别软件，并获取预设的鱼类基因组集合，通过比对软件，将测序数据比对到鱼类基因组集合，得到对应的比对结果；通过多种识别软件识别比对结果中的结构变异，得到对应的基因重组结果，并获取多种基因重组结果的交集，得到对应的重组基因集；并绘制对应的circos图，并绘制重组基因集中每个重组基因位点的示意图。采用本方法能够准确的对杂交鱼类的基因组重组进行分析，识别鱼类杂交过程中产生的基因组重组位点，并提高了测序分析的自动化程度和计算效率。
一种基于杂交鱼类基因重组分析方法装置

[发明专利]一种基于图的泛基因组数据组织方法及其系统-CN202210412619.8在审
发明人：郭金旦;陈禹保;刘江宁;秦川 -专利权人：中国医学科学院医学实验动物研究所
申请日： 2022-04-19 - 公布日： 2022-08-09 - 主分类号： G16B45/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于图的泛基因组数据组织方法、系统、设备和计算机可读存储介质，方法其包括：获取一组泛基因组序列数据；对所述泛基因组序列数据进行构图，得到泛基因组的着色图；标记并获取所述着色图单个结点的访问状态的特征，遍历所述着色图得到将所述着色图分解后的cSupB数据模型、以及cSupB数据模型的数据信息；基于所述cSupB数据模型的数据信息确定所述cSupB数据模型之间的包含关系，根据所述包含关系构建cSupB结构树模型。本发明克服了目前在针对大量基因组数据时，数据组织方式混乱，对序列的可读性、有效性和完整性都较差的问题。
一种基于基因组数据组织方法及其系统

[发明专利]一种基于图的多序列比对方法及其系统-CN202210411315.X在审
发明人：郭金旦;陈禹保;刘江宁;秦川 -专利权人：中国医学科学院医学实验动物研究所
申请日： 2022-04-19 - 公布日： 2022-07-01 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于图的多序列比对方法、系统、设备和计算机可读存储介质，方法其包括：获取一组泛基因组序列数据，对所述泛基因组序列数据进行构图，得到泛基因组的着色图；标记并获取所述着色图单个结点的访问状态的特征，遍历所述着色图得到将所述着色图分解后的cSupB数据模型；获取着色图分解后的cSupB数据模型，提取所述cSupB数据模型中结点的偏移值数据特征；基于所述偏移值数据特征对所述cSupB数据模型进行第一次预处理，得到所述cSupB数据模型的初始比对结果。本发明克服了目前在面对大量测序样本基因组时，传统的多序列比对方式无法满足现状的问题。
一种基于序列方法及其系统

[发明专利]一种基于病毒结构蛋白的生物活性成分筛选系统-CN202111673022.0在审
发明人：郭金旦;袁寒玉;陈禹保;刘江宁;秦川 -专利权人：中国医学科学院医学实验动物研究所
申请日： 2021-12-31 - 公布日： 2022-04-08 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于病毒结构蛋白的生物活性成分筛选系统。为了缩短了抗病毒新药研发周期、降低了研发成本、提高了研发的成功率，本发明提供了一种新的基于病毒结构蛋白的生物活性成分筛选系统，包括：用于获取待筛选的生物活性成分的结构文件及信息的第一获取单元，用于根据所述信息将待筛选的生物活性成分的结构文件输入相应的分子对接模块的选择单元，用于获取病毒结构蛋白的结构文件的第二获取单元，用于将所述病毒结构蛋白的结构文件与待筛选的生物活性成分的结构文件匹配到同一分子对接模块的匹配单元，分子对接单元和可视化单元。本发明简化了病毒结构蛋白生物活性成分筛选步骤，提高了筛选的速度和效率，具有非常好的实际应用价值。
一种基于病毒结构蛋白生物活性成分筛选系统

[发明专利]一种基于DNA变异检测的三代数据校正方法-CN201810336881.2有效
发明人：高敬阳;高峰;陈禹保 -专利权人：北京化工大学;北京市计算中心
申请日： 2018-04-16 - 公布日： 2021-06-22 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明提供了属于生物信息技术领域的一种基于DNA变异检测的三代数据校正方法，首先将三代测序数据处理后作为参考序列数据，然后将二代测序数据处理后与其进行比对，得到比对文件。对比对文件进行变异分析检测，可以得到二代测序数据相对于三代测序数据的变异信息，利用变异信息完成对三代测序数据的校正。将DNA变异检测方法应用到三代测序数据纠错中，联合使用二代测序数据与三代测序数据，降低三代数据校正的成本，程序采用多线程的思想，加快三代数据的校正速度。本发明通过联合校正技术解决三代测序技术中存在的高错误率和高成本问题，为后续的三代测序数据变异检测方面奠定基础。
一种基于 dna 变异检测数据校正方法

[发明专利]用于检测2型糖尿病易感基因的突变位点组合及其检测引物与应用-CN201711270823.6有效
发明人：李春瑞;陈禹保;裴智勇;刘满姣;卜祥霞;邢玉华 -专利权人：北京市计算中心
申请日： 2017-12-05 - 公布日： 2019-03-12 - 主分类号： C12Q1/6883 文献下载
摘要：本发明涉及分子生物学，具体公开了检测2型糖尿病易感基因的突变位点组合及其检测引物与应用。所述突变位点组合包括来自KCNQ1、C2CD4A、TCF7L2、SLC30A8、CDKAL1、CDKN2A/2B、KCNJ11、PPAR2、IGF2BP2、FTO、JAZFl、GRK5、RASGRP1、HHEX、PTPRD和SSR基因中21个突变位点。本发明经过试验研究发现，对本发明选择的突变位点组合进行突变位点基因型的检测，可有效判断待检样本是否为2型糖尿病。本发明针对现有技术中已公开的21个SNP位点，筛选出了最佳的检测组合，在控制成本的基础上，将检测准确率提到到92％以上。
用于检测糖尿病基因突变组合及其引物应用

[发明专利]用于服务器中的生物信息分析系统-CN201610425221.2在审
发明人： 陈禹保;裴智勇;张丽杰;钟爱秒 -专利权人：北京市计算中心
申请日： 2016-06-15 - 公布日： 2016-11-16 - 主分类号： G06F19/28 文献下载
摘要：本发明提供了一种用于服务器中的生物信息分析系统。本发明提供的生物信息分析系统，集群了生物分析计算中常用的各类软件，当用户需要安装某一生物计算软件时，只需通过显示界面查找并点击该软件，系统即可自动对该软件进行安装，避免现有技术中需要用户自己查找并一一安装的麻烦，省时省力且方便快捷。此外，本发明提供的系统还能对经过生物计算软件计算之后的数据进行进一步的分析，得到分析结果，便于研究人员对于海量计算数据的分析与整合，使研究人员通过本发明提供的系统能够快速有效的获取需要的分析结果。
用于服务器中的生物信息分析系统

[发明专利]基于BLAST的分布式基因序列比对方法-CN201110410201.5无效
发明人：吴一雷;闫鹏程;刘充;李国锐;陈禹保;黄劲松;谢威 -专利权人：北京市计算中心
申请日： 2011-12-09 - 公布日： 2012-06-27 - 主分类号： G06F19/22 文献下载
摘要：本发明涉及计算机和生物信息学技术领域，公开了一种基于BLAST的分布式基因序列比对方法，包括：S1、程序对用户参数进行解析，并确定MPI线程个数，读取查询序列文件，根据任务个数分割查询序列，每个MPI线程读取各自的MPI线程序号；S2、根据MPI线程序号判断当前MPI线程是否为头节点，如果当前MPI线程是头节点，则等待其它MPI线程的通信请求，如果有则响应，并将当前任务分配给提出通信请求的线程；继续分配任务；如果当前MPI线程不是头节点，则先向头节点请求任务序号，根据任务序号读取查询序列文件片段，并执行BLAST，得到BLAST比对结果，然后将任务序号减1，执行BLAST完再请求任务序号；S3、合并所有BLAST比对结果。本发明能降低生物信息学研究的硬件成本。
基于 blast 分布式基因序列方法

[发明专利]Sanger测序反应优化剂及其制备方法和用途-CN201110165816.6无效
发明人： 陈禹保;黄捷勤 -专利权人：北京标凯科技有限公司
申请日： 2011-06-20 - 公布日： 2012-01-25 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明公开了一种Sanger测序反应优化剂，该优化剂包括甜菜碱(Betaine)、二硫苏糖醇(DTT)、DMSO和BSA；其配比为：2.7～5mol/L Betaine、3～10mmol/LDTT、3％～8％DMSO、30～80mg/L BSA。本发明的优化剂由Betaine、DTT、DMSO(二甲基亚砜)、BSA四种成分组成。本发明在Sanger测序法反应制备时添加1/5体积优化剂，建立一种新的测序反应制备体系，在碱基读长及准确性上有显著提高。本发明的优化剂与不添加优化剂相比，只需少量添加即可得到读长更长，峰型更优，结果更准，重复性更好，稳定性更佳，对特殊结构及高GC含量的困难模板具有优化作用，对分子生物学测序技术提供使用价值。本发明提供了制备方法。
sanger 反应优化及其制备方法用途

[发明专利]一种利用大肠杆菌表达烟草富含甘氨酸RNA结合蛋白的方法-CN201010110901.8有效
发明人：李文正;陈禹保;刘勇;陈学军;卢秀萍;唐启慧 -专利权人：云南省烟草农业科学研究院
申请日： 2010-02-21 - 公布日： 2010-09-08 - 主分类号： C12N15/70 文献下载
摘要：本发明公开了一种利用大肠杆菌表达烟草富含甘氨酸RNA结合蛋白(GRP)的方法，包括表达菌株筛选、培养基优化、蛋白提取缓冲液配制，其特征在于：具体包括下列工序：A、提取烟草总RNA，逆转录成cDNA，PCR扩增出GRP蛋白基因；B、构建重组表达质粒pGEX4T-1-GRP；C、转化大肠杆菌表达菌株、小量诱导筛选高效表达菌株、大量诱导表达；D、蛋白提取和E、蛋白活性鉴定。本发明通过筛选大肠杆菌高效表达菌株，优化培养基，克隆基因构建出GRP基因重组表达质粒pGEX4T-1-GRP，再用阳性质粒对菌种为rosetta的大肠杆菌菌株进行转化，并采用优化的专用培养基LinA培养、缓冲液TKM，筛选出了高效表达菌株，从而提高了烟草中富含甘氨酸RNA结合蛋白的表达效率。本发明具有成本低、操作简单、生产周期短、适于大规模生产、蛋白表达率高、活性强，易于纯化、不易降解的优点。
一种利用大肠杆菌表达烟草富含甘氨酸 rna 结合蛋白方法

[实用新型]大规模筛选培养板-CN200720173880.8无效
发明人： 陈禹保 -专利权人： 陈禹保;北京中亚国瑞生物经济研究所
申请日： 2007-10-30 - 公布日： 2008-12-10 - 主分类号： C12M1/34 文献下载
摘要：本实用新型涉及一种大规模筛选培养板，属于试验器材领域。大规模筛选培养板，由具有侧壁的底面为矩形的底盘和与之扣合的盖体组成，底盘的底面外侧设有定位坐标网格和定位标记。本实用新型的优点是：针对96孔板或384孔板设计，每个单元格完美地对应，便于大规模高通量筛选工作，使用简单，清洗方便，可循环使用。
大规模筛选培养

[发明专利]乙型肝炎核心抗原酶联免疫定量测定HBV－DNA试剂盒-CN200710098927.3无效
发明人： 陈禹保 -专利权人： 陈禹保;北京中亚国瑞生物经济研究所
申请日： 2007-04-29 - 公布日： 2007-10-03 - 主分类号： G01N33/577 文献下载
摘要：本发明公开了一种乙型肝炎核心抗原酶联免疫定量测定HBV－DNA试剂盒及其制备方法，属于分子生物学与免疫学诊断试剂领域。该试剂盒包括：(1)荧光定量HBV－DNA血清标准品6支，(2)HBV表面抗体(HBsAb)多抗预包被酶标板反应条；(3)HBV核心抗体(HBcAb)多抗预包被酶标板反应条；(4)开壳剂；(5)酶标记核心抗体；(6)底物显色剂；(7)阳性对照；(8)阴性对照；(9)终止液。本发明的优点是：能非常专一而准确的通过检测乙肝核心抗原酶联免疫定量测定血清HBV DNA的含量。具有操作简便、灵敏度高、特异性强和稳定等特点。本试剂盒整个实验中不需要贵重仪器设备，试剂便宜，对实验环境和人员要求低，收费低廉，能适应各级医院及临床检验中心。
乙型肝炎核心抗原免疫定量测定 hbv dna 试剂盒

[实用新型]四水浴池式基因扩增仪-CN94212802.8无效
发明人：肖功布;李振安;陈禹保;翟立东 -专利权人：北京市科海微控新技术联合开发部;北京市亚光仪器仪表研究所;北京科海医疗生物工程公司
申请日： 1994-06-02 - 公布日： 1995-05-31 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本实用新型提供了一种能进行RNA聚合酶链反应(PCR)，也能进行DNAPCR，实现基因体外扩增的自动循环装置，属分析仪器类。本仪器主要特征是在DNAPCR仪的三池水浴的基础上增加了一个恒温水浴池，供RNA反转录反应(RT)为CDNA后，就可在另外的三池内作PCR，从而达到基因RNA的诊断判别目的。本实用新型为创新的RNAPCR仪(RT+PCR)，也是一般意义的精度高而结构新颖的DNAPCR仪。本仪器采用微电脑控制两个步进电机带动机械手作升降及水平旋转运动，换池准确快速；本仪器采用微电脑控制各池的不同温度，保持±1℃的精度；本仪器功能齐备，性能可靠，操作简单，在生物医学及遗传工程等领域有广泛的用途。
水浴基因扩增

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