本发明提供了一种抗PIP4K2A剪接变异体多克隆抗体及其在肝癌诊断中的应用。所述抗PIP4K2A剪接变异体多克隆抗体的制备方法,包括以下步骤:(1)构建含有重组PIP4K2A剪接变异体基因的重组表达载体,所述重组PIP4K2A剪接变异体基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示;(2)将所述重组表达载体转化大肠杆菌感受态细胞中诱导表达,获得重组PIP4K2A剪接变异体抗原;(3)将重组PIP4K2A剪接变异体抗原免疫动物,获得抗血清,然后分离纯化获得抗PIP4K2A剪接变异体多克隆抗体。PIP4K2A‑S可作为肝癌的诊断标志物,对判断肝癌的预后及肝癌诊断有着较高的指导意义。