本发明提供一种鉴别额敏贝母与药材川贝母、药材伊贝母的方法，包括以待测样品DNA为模板，使用序列为SEQ ID No.2的正向引物和序列为SEQ ID No.3的反向引物，进行扩增；对扩增产物进行测序并获得完整扩增片段；将所述完整扩增片段与SEQ ID No.1相比对，如果所述完整扩增片段在相应于SEQ ID No.1的5′端起第145位为G、第171位为T、第172位为G，则鉴定所述待测样品为来自额敏贝母的样品；如果所述完整扩增片段，在相应于SEQ ID No.1的5′端起第145位为T、第171位为C、第172位为A，则鉴定所述待测样品为来自药材川贝母或伊贝母的样品。
