本发明提供一条天目地黄RcMYB3基因及其在提高植物花青素含量中的应用。RcMYB3转录因子来源地黄近缘物种天目地黄,与拟南芥PAP2基因cDNA相似性51.09%,序列长度963bp,包含一个完整的开放阅读框,编码区长度795bp,推测编码264个氨基酸。其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示;其氨基酸序列如SEQ ID NO:2所示。对RcMYB3氨基酸序列的结构特征和进化特征进行分析,与已知花青素调控MYB转录因子的同源性均低于50%。RcMYB3基因可参与调控花青素的合成,利用转基因技术将RcMYB3转录因子过量表达载体转化地黄,可以有效提高地黄叶和块根的花青素含量。