本发明公开了一种在酵母中异源表达的内切β‑1,3‑葡聚糖酶、重组菌及应用。本发明对一种来自白粉菌属的内切β‑1,3‑葡聚糖酶基因进行优化,获得了密码子优化的RE.Glu‑13,其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,氨基酸序列如SEQ IDNO:2。将将优化后的目的基因RG.Glu‑13连接到pPIC9K质粒上,最终转入酵母MF060中,获得重组菌株。发酵该菌株外分泌表达内切β‑1,3‑葡聚糖酶,优化高密度发酵过程中甲醇和甘油的流加方式,提高了内切β‑1,3‑葡聚糖酶的表达量。该内切β‑1,3‑葡聚糖酶对酵母β‑葡聚糖具有较高内切酶活性,可以制备分子量范围较窄的酵母β‑葡寡糖。