本发明涉及一种检测稻瘟病菌致病相关基因在侵染的水稻叶片组织中表达量的方法。本发明提供了一种检测稻瘟病菌侵染水稻后不同时间点致病相关基因表达量的方法,该方法的技术方案是:将稻瘟病菌孢子喷雾接种到水稻叶片上,取样并提取总RNA,应用SYBR Green I嵌合荧光法对稻瘟病菌致病相关基因片段进行实时荧光定量PCR检测,记录待测样品的C(t)值,根据公式计算其致病相关基因片段的表达量。采用本方法可快速准确地检测水稻接种稻瘟病菌早期不同时间段稻瘟病菌致病相关基因的表达量;分析不同致病相关基因在不同水稻品种中的表达量及其在接种后不同时间段的变化情况;分析稻瘟病菌致病相关基因的时空表达模式等。其检测结果准确、重复性好,有助于说明这些基因的功能。