本发明涉及小麦抗病育种和分子生物学领域,具体涉及一个与小麦根腐平脐蠕孢黑胚病抗性QTL紧密连锁的分子标记及其应用。本发明提供一种检测小麦植株是否存在与抗黑胚病小麦品系豫优1号抗性QTL紧密连锁的分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,该分子标记是以小麦DNA为模板,以核苷酸序列SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示的引物对进行PCR扩增酶切电泳分离后获得的大小为249bp的DNA片段,将该标记其命名BP‑4B‑c1。本发明方法通过苗期的分子标记检测,能够快速的进行小麦对B.sorokiniana黑胚病的抗性预测与筛选,节省了宝贵的科研时间与大量的人力物力,且鉴定结果稳定。因此,本发明方法可能准确、高效地筛选抗黑胚病小麦品系,大大提高高产、抗黑胚病小麦的育种进程。