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[发明专利]一种分析RNA结合蛋白底物的方法-CN202210395463.7在审
发明人： 杨运桂;王兴;王梦柯;杨莹 -专利权人：中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）
申请日： 2022-04-15 - 公布日： 2023-10-27 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本申请属于生物技术领域，具体涉及一种分析RNA结合蛋白底物的方法，一种捕获与目的RNA结合蛋白(RBP)互作的RNA的方法，以及一种分析RNA或RBP的方法和文库。本申请不再使用传统紫外光交联，单纯采用CLICK反应进行化学标记与交联，有效排除了结构偏好性，降低了背景结合，具有更高的特异性。
一种分析 rna 结合蛋白方法

[发明专利]一种单细胞内RNA全转录组标记和测序的方法-CN202111516580.6在审
发明人： 杨运桂;姚欢;杨莹;王梦柯;宋鸽鸽 -专利权人：中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）
申请日： 2021-12-13 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本申请一种单细胞内RNA全转录组标记的方法。进一步的，涉及一种单细胞内RNA全转录组测序的方法，以及一种单细胞内RNA m6A修饰测序方法和一种单细胞内RNA结合蛋白结合位点的测序方法。本申请的方法实现了单细胞水平的RNA标记，并且提供了高通量单细胞RNA m6A标记及测序的方法。
一种细胞内 rna 转录标记方法

[发明专利]一种修饰的SARS-CoV-2核酸分子及其用途-CN202310097603.7在审
发明人： 杨运桂;杨莹;高纯纯;杨文兰;陈宇晟;黄春敏 -专利权人：中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）
申请日： 2023-01-19 - 公布日： 2023-06-06 - 主分类号： C12N15/113 文献下载
摘要：本申请提供了一种修饰的SARS‑CoV‑2核酸分子、包含其核苷酸序列的载体和由其编码的蛋白。还提供了包含所述修饰的SARS‑CoV‑2核酸分子、载体和蛋白的药物组合物和疫苗(例如，mRNA疫苗)，以及它们的用途。本申请提供的疫苗，尤其是mRNA疫苗，能够提升稳定性和转译效率，还能够提升由其诱导所产生的抗体特性(例如，产生抗体的量，抗体的持久性)。
一种修饰 sars cov 核酸分子及其用途

[发明专利]一种单细胞翻译组测序的方法-CN202110789247.6在审
发明人： 杨运桂;鞠林芳;杨莹;韩潇 -专利权人：中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）
申请日： 2021-07-13 - 公布日： 2023-01-17 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明涉及一种获取单细胞中与核糖体结合的RNA的方法。进一步的，涉及一种单细胞翻译组测序的方法，以及一种同时进行单细胞转录组测序和翻译组测序的方法。所述方法能够准确地捕获正在翻译的核糖体‑RNA复合物，真实地反映出细胞生理条件下正在翻译的mRNA状态。并且，能够在单细胞水平上同时进行翻译组和转录组测序，实现了翻译组和转录组的统一。
一种单细胞翻译组测序方法

[发明专利]链置换引物和细胞转录组文库构建方法-CN202010515520.1有效
发明人：徐家伟;姚欢;孙莹璞;杨运桂;张楠;郭佳;杨莹 -专利权人：郑州大学第一附属医院
申请日： 2020-06-08 - 公布日： 2021-09-14 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明提供一种单细胞全转录组文库构建方法，其中本发明单细胞全转录组文库构建方法包括步骤：（A）逆转录细胞RNA，以产生相应于所述细胞RNA的第一链cDNA，其中逆转录RNA所使用的链置换引物的5′末端带有多个dSpacer，且所述链置换引物带有长度为4的随机序列；（B）由所述第一链cDNA产生相应的第二链cDNA，从而产生双链cDNA；（C）通过PCR扩增所述双链cDNA，其中PCR扩增所使用的扩增引物的5′末端带有T7启动子序列和（D）通过T7 RNA聚合酶转录PCR扩增得到的cDNA，本发明单细胞全转录组文库构建方法受转录本本身的含量影响小和能够准确反应样品中RNA的含量而不会受到PCR重复读长的影响，且其流程简单易行，成本低廉。
置换引物细胞转录文库构建方法

[发明专利]miRNA对m6A修饰水平的调控方法及其应用-CN201580074289.4有效
发明人：周琪;杨运桂;王秀杰;陈同;张映;郝亚娟;李苗苗;王猛 -专利权人：中国科学院动物研究所;中国科学院北京基因组研究所;中国科学院遗传与发育生物学研究所
申请日： 2015-01-26 - 公布日： 2020-07-10 - 主分类号： C07H21/02 文献下载
摘要：公开了一种miRNA对RNA分子上的6‑甲基腺嘌呤(N6‑methyladenosine,m6A)修饰水平的调控方法及相关的进一步应用。通过提高或降低miRNA可以相应的提高或者降低m6A修饰水平，并进一步调节m6A修饰介导的功能。还公开了一种通过调节m6A而影响细胞重编程的调节方法及其利用的调节剂。
mirna m6a 修饰水平调控方法及其应用

[发明专利]RNA5mC重亚硫酸盐测序的文库构建方法及其应用-CN201510557083.9有效
发明人： 杨运桂;杨莹;孙宝发;杨鑫;孙慧颖;孙敏;张兵;黄春敏 -专利权人：中国科学院北京基因组研究所
申请日： 2015-09-02 - 公布日： 2018-02-06 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明涉及对RNA分子上的5‑甲基胞嘧啶(5‑methylcytosine，5mC)修饰重亚硫酸盐测序的文库构建方法、测序方法和甲基化检测方法。通过设计和使用只含有ACT的三碱基随机六聚引物，显著提高经过重亚硫酸盐处理后的RNA片段的逆转录和PCR扩增效率和5mC位点的检测效率，有利于对5mC位点的高通量测序。
rna mc 亚硫酸盐文库构建方法及其应用

[发明专利]肌动蛋白84位赖氨酸单甲基化修饰在胞质分裂和细胞增殖中的功能及在药物研发中应用-CN201210155092.1有效
发明人： 杨运桂;李明明;史悦 -专利权人：中国科学院北京基因组研究所
申请日： 2012-05-17 - 公布日： 2013-02-06 - 主分类号： A61K48/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种肌动蛋白新的甲基化修饰，即84位赖氨酸单甲基化修饰actin K84me1在胞质分裂和细胞增殖中的功能及针对actin K84me1抗癌药物研发中的潜在应用价值。只有在ALKBH4蛋白将actinK84me1去甲基化后NMII才能沿着actin纤维滑动。actinK84me1抑制收缩环收缩干扰胞质分裂。ALKBH4基因沉默会导致actin K84me1表达量增多，actin K84me1过表达导致细胞分裂期阻滞和胞质分裂失败，最终引起细胞凋亡及多核细胞生成，导致细胞增殖迁移缺陷最终走向死亡。actin K84me1表达量可用于研发抗肿瘤药物。
肌动蛋白 84 赖氨酸甲基化修饰分裂细胞增殖中的功能药物研发应用

[发明专利]工程化大肠杆菌G830-CN00125411.1无效
发明人：龚毅;杨运桂;杨胜利 -专利权人：中国科学院上海生物工程研究中心
申请日： 2000-09-26 - 公布日： 2004-05-05 - 主分类号： C12N1/21 文献下载
摘要：本发明公开了一种适用于高密度发酵的微生物，在所述微生物的染色体上整合有外源的透明颤菌血红蛋白基因，而且该微生物乙酸代谢的主要途径被阻断。新的工程菌G830不仅可消除乙酸的不利积累，而且对氧的利用能力大为提高，因而更适合在高密度发酵条件下表达外源蛋白。本发明还公开了产生在基因组中整合外源基因(如透明颤菌血红蛋白基因)的新方法。
工程大肠杆菌 g830