本发明公开了一种基于人类Y‑STR基因座的复合扩增体系及其应用。该复合扩增体系包括34个引物,34个引物的核苷酸序列依次如SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:34所示。采用该复合扩增体系可一次扩增17个Y‑STR基因座,共22个基因座拷贝,扩增效率高;可对现有Y‑STR检验试剂盒形成有效补充,进一步提升Y‑STR的系统检验效能,满足男性家系精细化排查的要求。同时采用该复合扩增检测体系扩增获得的PCR扩增产物片段小,更适合微量降解检材的扩增检测;且该复合扩增检测体系采用五色荧光标记技术,具有更强的检测平台适配性。本发明具有重要的应用价值。