本发明公开了用于检测植物种传病毒CMV的引物组及其应用。所述引物组包括引物PS‑CMVCP和引物PS‑CMV3a；所述引物PS‑CMVCP的正向引物如SEQ ID No.1所示，反向引物如SEQ ID No.2所示；所述引物PS‑CMV3a的正向引物如SEQ ID No.3所示，反向引物如SEQ ID No.4所示。所述引物组能够有效快捷的检测出辣椒种子是否携带病毒CMV及其携带病毒的侵染能力，进而建立了一种较为全面、简便、低成本的辣椒种子携带CMV及对其携带病毒的侵染能力进行初步判断的检测方法；而检测结果可为进行有针对性的产前种子脱毒提供一定参考。
本发明公开了用于鉴定尖孢镰刀菌番茄颈腐根腐病的分子标记及其应用。所述分子标记FrlDel30‑1的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，其为鉴定尖孢镰刀菌番茄颈腐根腐专化型的分子标记；所述分子标记FrlDel30‑2的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，其为鉴定尖孢镰刀菌番茄枯萎病致病菌生理小种3型的分子标记，并且用于检测分子标记的引物对包括FrlDel30F：5’‑GAGCGGGAGTTGAATTCTTG‑3’；FrlDel30R：5’‑AAGAGCCTGCTCCA GTTGAA‑3’。本发明的分子标记能够简答、快速准确的区分尖孢镰刀菌番茄颈腐根腐病专化型菌株及尖孢镰刀菌番茄枯萎病致病菌生理小种3型病菌，其对于感病番茄中尖孢镰刀菌的类型的鉴定以及感病番茄发病部位或组织的检测具有重要的作用。
本发明涉及一个与ZYMV抗性基因共分离的InDel分子标记，命名为InDel‑zym1，由SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列片段和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列片段组成；其中SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列片段与抗性基因共分离，SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列片段与感病基因共分离。本发明的InDel分子标记具有高稳定性，可以简便、快速、高通量的应用于黄瓜苗期ZYMV抗性单株的辅助筛选；根据SEQ ID NO.5与SEQ ID No.6所示，由插入/缺失突变造成的抗性候选基因DNA长度的差异，还可以设计多对共显性的InDel标记作为ZYMV抗性筛选的分子标记。本发明的InDel标记为ZYMV抗性的分子标记辅助育种奠定了基础，这将大大加快黄瓜ZYMV抗性分子育种的进程。
本发明涉及与黄瓜果实软刺基因Ts共分离的InDel‑Ts3分子标记及其应用。该分子标记由ME7所示的上游引物和EM8所示的下游引物组成。该分子标记具有序列表SEQ ID NO.1所示的244个核苷酸序列，以及序列表SEQ ID NO.2所示的234个核苷酸序列，其中SEQ ID NO.1中的核苷酸序列与软刺基因共分离，SEQ ID NO.2中的核苷酸序列与硬刺基因共分离。与现有技术相比，该分子标记具有高稳定性，可以简便、快速、高通量地应用于世界各地黄瓜硬刺/软刺类型的筛选。
本发明提供了用于筛选有瘤/无瘤黄瓜果实类型的显性分子标记Y68，该显性分子标记由序列表中SEQ ID NO.1所示的486个核苷酸组成，该序列位于果瘤基因Tu的启动子序列中，该显性分子标记具有高稳定性，有瘤黄瓜品种均含有该显性分子标记，无瘤品种均缺失SEQ ID NO.1所示的486个核苷酸，故此不含有该显性分子标记。故本发明中的显性分子标记Y68可以简便、快速、高通量地应用于世界各地黄瓜果实有瘤/无瘤类型的筛选。本发明还提供了控制果瘤性状的基因蛋白编码序列，由序列表中SEQ ID NO.4所示的213个氨基酸组成，是含有单锌指结构的C2H2型锌指蛋白的一个转录因子，研究该转录因子可以为黄瓜无毛基因(gl)的鉴定及进一步阐明黄瓜毛和瘤的形态建成机理打下坚实的基础。
