本发明公开了一种高虾青素产量的菌株,通过转基因技术将Adketo1(SEQ ID No.1)和Adketo2(SEQ ID No.2)连接到克隆载体上,得到表达载体;然后将表达载体通过电击转化转入目的菌株中;并通过使用复合酶抑制剂,采用多轮递推法对转化子进行筛选,得到目标菌株,并对发酵条件进行优化。发酵生产得到的虾青素为自由态,98%为右旋光结构,并以反式结构为主,动物吸收率可达98%,沉积效果好。本发明的方法能够提高微生物源天然虾青素的生产效率,优化生产工艺,降低生产成本,可用于实现微生物源天然虾青素的较大规模生产。