本发明公开了一种鉴定金钱鱼遗传性别的特异分子标记及其引物和应用,所述分子标记为两条在金钱鱼X染色体和Y染色体中部分同源的DNA片段,X染色体上部分同源DNA片段核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,Y染色体上部分同源DNA片段核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明从金钱鱼基因组信息中筛选到两条在金钱鱼X染色体和Y染色体上部分同源DNA片段,并设计特异性引物进行金钱鱼遗传性别鉴定,可以快速、准确地区分金钱鱼遗传性别。本发明的方法适用于实验室或水产养殖企业准确鉴定金钱鱼遗传性别,还可用于对不同生长阶段和不同群体的金钱鱼性别鉴定和筛选,对研究金钱鱼性别决定和分化机制、实现其性别控制具有重要意义。