本发明提供一种消除层析中洗脱肩峰的方法,是使用离子交换填料以结合洗脱的方式进行蛋白纯化,同时消除目的蛋白洗脱时UV检测出现的肩峰。其中,离子交换填料为Capto S ImpAct,该方法包括以下步骤:a)平衡:上样前用平衡缓冲液对离子交换填料进行平衡;b)上样:将蛋白样品加载至离子交换填料上,目的蛋白与离子交换填料结合;c)淋洗:用淋洗缓冲液淋洗离子交换填料;d)洗脱:用洗脱缓冲液将目的蛋白从填料上洗脱下来。本发明的方法通过利用差异化平衡缓冲液/淋洗缓冲液和洗脱缓冲液的pH值的方法达到了消除纯化蛋白过程中洗脱肩峰的效果。