本发明公开了一种鉴别百日草舌状花平瓣性状和管瓣性状的共显性InDel分子标记及其应用，所述共显性InDel分子标记分别如其核苷酸序列如SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示。本发明现有的PCR技术和转录组序列信息挖掘发现在百日草管瓣亲本A1GH的CYC基因中发现一段序列，从而成功得到了百日草舌状花瓣型性状的共显性InDel分子标记，运用该标记可以在杂交后代早期进行分子标记诊断，而传统育种等待开花需要两个月时间，相比之下，该标记应用于辅助育种具有时间早、成本低的优势。
本发明公开了一种鉴别百日草花瓣萼片化雄性不育和平瓣可育性状的共显性CAPS分子标记及其应用，所述共显性CAPS分子标记的核苷酸序列分别为如SEQ ID NO.1，其序列上的第71bp处为一个SNP位点，该SNP位点为A/C的碱基突变。本发明首先利用BSA‑seq技术将百日草花瓣萼片化基因和雄性不育基因定位于近缘物种向日葵16号染色体上10485288至10869078区域内，将单侧标记的SNP位点开发成CAPS标记，进而利用该CAPS标记对百日草花瓣萼片化雄性不育株和平瓣可育株进行鉴定。本发明中提及的CAPS标记与目的基因的距离更近，与雄性不育基因和花瓣萼片化基因连锁度更高。
