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[发明专利]一种分子叠合构象确定方法、装置以及存储介质-CN202110803688.7有效
发明人：殷实秋 -专利权人： 北京望石智慧科技有限公司
申请日： 2021-07-15 - 公布日： 2023-10-20 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：本发明提供一种分子叠合构象确定方法、装置以及存储介质，其中，方法包括：获取候选分子任一采样构象；根据目标算法确定候选分子采样构象的最优旋转平移变换，得到第一候选分子采样构象；对第一候选分子采样构象进行局部优化，得到第二候选分子采样构象；根据第二候选分子采样构象与参考分子构象，得到相似度结果；重复执行获取候选分子任一采样构象至根据第二候选分子采样构象与参考分子构象，得到相似度结果的步骤，直至满足目标条件，得到候选分子多个采样构象的相似度结果；根据多个相似度结果，确定候选分子的叠合构象。通过实施本发明，直接在局部使用梯度下降寻找最接近参考分子构象的构象，从而显著减少构象采样数，进而减少计算量。
一种分子叠合构象确定方法装置以及存储介质

[发明专利]一种细胞特异性合成致死对预测方法、装置、设备和介质-CN202310700493.9有效
发明人：濮梦辰;辛玉翠;魏兰颖;郑炜圣;彭公信;李晓荣;成凯阳;张应生 -专利权人： 北京望石智慧科技有限公司
申请日： 2023-06-14 - 公布日： 2023-09-15 - 主分类号： G16B15/30 文献下载
摘要：本发明公开了一种细胞特异性合成致死对预测方法、装置、设备和介质。该方法包括：对目标细胞系的特定组学数据进行预处理，获得目标细胞系的特异性融合特征，该特定组学数据包含有多种能够表征细胞特异性的组学数据；将该特异性融合特征输入预先训练好的合成致死对预测模型，输出初步预测结果，该初步预测结果包含目标细胞系中各基因对为合成致死对的概率；基于初步预测结果筛选出目标细胞系中的特异性合成致死对。本发明能够实现合成致死对预测的高可靠性。
一种细胞特异性合成致死预测方法装置设备介质

[发明专利]一种面向化学结构式识别的数据集构建方法和装置-CN202310995606.2在审
发明人：田振华;王晗;陶恒 -专利权人： 北京望石智慧科技有限公司
申请日： 2023-08-09 - 公布日： 2023-09-08 - 主分类号： G16C20/50 文献下载
摘要：本发明涉及结构式识别技术领域，公开了一种面向化学结构式识别的数据集构建方法和装置，方法包括：获取化学结构式的文本表示形式预处理后构建仿真训练数据集，基于其得到基准识别模型；获取公开文献中化学结构式图像，对其预设处理后送入基准识别模型进行预测及后处理；将后处理预测结果与预设化合物数据库数据进行相似度计算，并与预设匹配阈值比较后确定目标训练数据，将其输入基准识别模型进行训练，得到对应迭代模型及预测结果；对预测结果重复进行后处理及相似度匹配过滤，得到更新的目标训练数据用于迭代模型的迭代优化，直至满足预设要求时得到最终的化学结构式识别数据集。本发明能够提供大规模化学结构式识别数据集来提升模型识别效果。
一种面向化学结构式识别数据构建方法装置

[发明专利]基因共表达状态的量化分析方法及装置、设备和介质-CN202310707491.2在审
发明人：魏兰颖;张应生;濮梦辰;辛玉翠 -专利权人： 北京望石智慧科技有限公司
申请日： 2023-06-15 - 公布日： 2023-07-18 - 主分类号： G16B25/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基因共表达状态的量化分析方法及装置、设备和介质。该方法包括：构建实验组与对照组之间的全局差异共表达网络；该实验组对应的基因共表达状态为第一状态、对照组对应的基因共表达状态为第二状态；基于该全局差异共表达网络确定出高度重构基因；根据高度重构基因和研究信息构建差异共表达子网络，基于该差异共表达子网络确定出目标样本的基因共表达状态得分，其中，差异共表达子网络中各节点对应的基因与研究信息包含的目标生物途经相关，基因共表达状态得分用于指示目标样本的基因共表达状态与第一状态或第二状态的相似程度。本发明能够实现在个体层面上对单个样本的基因共表达状态的定量分析。
基因表达状态量化分析方法装置设备介质

[发明专利]一种分子体系中非共价相互作用标注方法和标注系统-CN202110953574.0在审
发明人：黄博;殷实秋;丁康;周文彪 -专利权人： 北京望石智慧科技有限公司
申请日： 2021-08-19 - 公布日： 2023-04-07 - 主分类号： G16C20/30 文献下载
摘要：本发明公开了一种分子体系中非共价相互作用标注方法和标注系统，其中方法包括：获取目标分子结构的原子坐标信息和预设分辨率的电子密度格点信息；基于电子密度格点信息中电子密度鞍点所在的格点位置确定鞍点位置；利用原子坐标信息确定鞍点位置的归属关系；至少利用鞍点位置的电子密度、一阶梯度和海森矩阵生成鞍点位置的电子密度拓扑特征；利用鞍点位置、归属关系和电子密度拓扑特征标注目标分子结构中的非共价相互作用。本发明提供的技术方案解决提高了标注分子中和分子体系中非共价相互作用的准确性。
一种分子体系中非共价相互作用标注方法系统

[发明专利]一种基于电子密度的分子建模、性质预测方法和系统-CN202110953355.2在审
发明人：黄博;王闾威 -专利权人： 北京望石智慧科技有限公司
申请日： 2021-08-19 - 公布日： 2023-04-04 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于电子密度的分子建模方法和建模系统，其中方法包括：获取目标分子中的原子坐标信息；基于原子坐标信息，以预设分辨率获取目标分子的电子密度格点信息；从电子密度格点信息中提取大于预设电子密度值的目标电子密度值，并将目标电子密度值组成的3维矩阵构建为目标分子的分子模型。本发明提供的技术方案解决了传统分子表示模型包含的特征不充分的问题。
一种基于电子密度分子建模性质预测方法系统

[发明专利]一种非共价相互作用的模型训练、识别方法和系统-CN202110953612.2在审
发明人：殷实秋;丁康;周文彪;黄博 -专利权人： 北京望石智慧科技有限公司
申请日： 2021-08-19 - 公布日： 2023-02-24 - 主分类号： G16C20/30 文献下载
摘要：本发明公开了一种非共价相互作用模型训练、识别方法和系统，其中识别方法包括：获取待识别分子结构的空间结构信息；将待识别分子结构的空间结构信息输入基于电子密度预设的识别模型，并通过识别模型生成待识别分子结构中非共价相互作用的位置坐标和拓扑特征。本发明提供的技术方案解决了分子体系中非共价相互作用识别不准确的问题。
一种共价相互作用模型训练识别方法系统

[发明专利]一种基于口袋电子密度生成配体的生成方法和生成系统-CN202110960981.4在审
发明人：王闾威;白蓉 -专利权人： 北京望石智慧科技有限公司
申请日： 2021-08-20 - 公布日： 2023-02-24 - 主分类号： G16C20/50 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于口袋电子密度生成配体的生成方法和生成系统，其中方法包括：获取目标口袋电子密度；将目标口袋电子密度输入预设的最优配体密度推断模型，生成预测配体电子密度；将预测配体电子密度输入预设的条件生成模型，生成多个相似配体电子密度；利用预设的解析模型解析多个相似配体电子密度生成目标原子信息；根据目标原子信息搭建目标配体分子。本发明提供的技术方案提高了生成的配体分子与蛋白口袋的之间结合作用的契合度。
一种基于口袋电子密度生成方法系统

[发明专利]一种药物分子设计方法、装置、电子设备及存储介质-CN202110962774.2在审
发明人：贾伯阳;石小萱 -专利权人： 北京望石智慧科技有限公司
申请日： 2021-08-20 - 公布日： 2023-02-21 - 主分类号： G16C20/50 文献下载
摘要：本发明公开了一种药物分子设计方法、装置、电子设备及存储介质，其中药物分子设计方法包括：利用已有分子与预设的药物靶点构成复合物；在所述已有分子切分后的片段中选取待替换片段，固定所述复合物中除所述待替换片段外其他部分的空间结构；获取替换片段；将所述替换片段与所述复合物删除所述待替换片段的断口位置进行对接，得到药物分子。由于其在药物分子的设计时考虑了药物靶点对药物分子的影响，因此使得设计得到的药物分子与实际需要的药物分子更加接近。
一种药物分子设计方法装置电子设备存储介质

[发明专利]一种大分子体系中氢键相互作用的解析方法及其应用-CN202110866772.3在审
发明人：李中伟 -专利权人： 北京望石智慧科技有限公司
申请日： 2021-07-29 - 公布日： 2023-02-03 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：本发明属于生物技术领域，具体涉及一种大分子体系中氢键相互作用的解析方法及其应用。本发明提供的解析方法，包括如下步骤：获取大分子体系中目标复合物的分子坐标信息；所述目标复合物为小分子和靶点蛋白分子复合物或蛋白分子和蛋白分子复合物；对分子坐标信息进行半经验量子化学计算，获得复合物结构的电子密度信息；利用电子密度信息寻找氢键相关的键临界点，获得键临界点处电子密度拓扑信息；将获得的键临界点处电子密度拓扑信息代入拟合公式或机器学习模型，获得预测氢键结合能。本发明提供的解析方法可简单、快速、精确的对大分子体系中氢键相互作用进行解析，对药物设计者具有很大吸引力，可实际应用于药物研发领域。
一种大分子体系氢键相互作用解析方法及其应用

[发明专利]一种专利中命名实体的提取方法、装置及电子设备-CN202110796276.5在审
发明人：白芳 -专利权人： 北京望石智慧科技有限公司
申请日： 2021-07-14 - 公布日： 2023-01-17 - 主分类号： G06F40/295 文献下载
摘要：本发明提供一种专利中命名实体的提取方法、装置及电子设备，其中，方法包括：获取专利文本；对所述专利文本进行数据预处理，得到预处理后的文本信息；将所述文本信息输入预先训练好的命名实体提取模型，得到提取出的命名实体，所述预先训练好的命名实体提取模型为根据专利文本训练得到。通过实施本方案，对专利文本进行预处理，得到模型能够识别的文本信息，然后利用预先训练好的命名实体提取模型在专利文件中提取出命名实体，由于预先训练好的命名实体提取模型是根据专利文件进行训练的，其可以有效掌握专利文献的文字表述方式，从而可以有效实现专利文献的命名实体提取，提高专利文件命名实体的提取准确性。
一种专利命名实体提取方法装置电子设备

[外观设计]带有识别化学分子结构式用户界面的显示屏幕面板-CN202130781810.6有效
发明人：杨阳;徐积慧;李锦妍 -专利权人： 北京望石智慧科技有限公司
申请日： 2021-11-26 - 公布日： 2022-09-20 - 主分类号： 14-04 文献下载
摘要：1.本外观设计产品的名称：带有识别化学分子结构式用户界面的显示屏幕面板。2.本外观设计产品的用途：用于显示信息，该显示屏幕面板用于电脑（PC 及 Windows）。3.本外观设计产品的设计要点：在于屏幕中的图形用户界面内容。4.最能表明设计要点的图片或照片：主视图。5.本产品为图形用户界面（GUI）设计，主视图以外的其他视图无设计要点，省略后视图、左视图、右视图、俯视图、仰视图。6.图形用户界面的用途：用于识别化学分子结构式。7.图形用户界面的人机交互方式：主视图是界面的首页，点击主视图中间按键进入界面变化状态图1，点击界面变化状态图1中的对号进入界面变化状态图2，点击主视图左侧栏最上方图标按键进入界面变化状态图3，点击主视图左侧边栏第2个按键进入界面变化状态图4，点击界面变化状态图4其中1个卡片中的编辑按键进入界面变化状态图2，点击主视图左侧边栏第3个按键进入界面变化状态图5，点击主视图左侧边栏第4个按键进入界面变化状态图6。
带有识别化学分子结构式用户界面显示屏幕面板

[发明专利]结合活性排序方法、装置、设备、介质及用途-CN202210352868.2在审
发明人：赵黎明 -专利权人： 北京望石智慧科技有限公司
申请日： 2022-03-31 - 公布日： 2022-07-01 - 主分类号： G16B15/30 文献下载
摘要：本发明涉及计算生物学技术领域，具体涉及一种结合活性排序方法、装置、设备、介质及用途。本发明提供的结合活性排序方法，通过基于各候选分子之间的各差异基团的极性状态、与各差异基团对应的目标蛋白表面区域的极性状态以及各候选分子与溶剂分子的接触面积，对各候选分子与受体蛋白的静电互补打分适用性进行筛选，筛选出适用于静电互补打分法的目标候选分子，再基于静电互补打分法确定各目标候选分子与受体蛋白之间的静电互补打分值，并基于静电互补打分值对各目标候选分子与受体蛋白的结合活性进行排序，这有效解决了现有静电互补打分法因对部分小分子与蛋白的适用性较差而导致的评估结果可信度较低的问题。
结合活性排序方法装置设备介质用途

[发明专利]一种分子片段库的确定方法、分子分割方法及装置-CN202110519595.1在审
发明人：李相彬;邹德超 -专利权人： 北京望石智慧科技有限公司
申请日： 2021-05-12 - 公布日： 2021-08-06 - 主分类号： G16C20/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种分子片段库的确定方法、分子分割方法及装置，其中，分子片段库的确定方法包括：获取分子数据集；对所述分子数据集中的分子进行切割，得到多种分子片段以及每一种分子片段的初始分割概率；根据预设算法更新所述每一种分子片段的初始分割概率，得到所述分子片段的目标分割概率；将所述目标分割概率满足预设条件的分子片段的集合确定为分子片段库。本发明通过对分子数据集中的分子进行分割，得到多种分子片段以及对应的初始分割概率，利用预设算法更新初始分割概率，使得得到的分子片段的概率更加准确，便于利用该分子片段库对分子进行分割。
一种分子片段确定方法分割装置

[发明专利]蛋白质与小分子样本生成及结合能、结合构象预测方法-CN202011012500.9在审
发明人：殷实秋;周杰龙 -专利权人： 北京望石智慧科技有限公司
申请日： 2020-09-23 - 公布日： 2021-01-29 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：本发明提供一种蛋白质与小分子样本生成及结合能、结合构象预测方法，其中，小分子和蛋白质结合样本生成方法，包括：当小分子与蛋白质之间存在相互配合的目标给体和目标受体，判断目标给体和目标受体是否存在相互作用；当目标给体与目标受体存在相互作用，则按照预设规则，建立目标给体与目标受体的空间构象数据，得到小分子和蛋白质结合样本。通过实施本发明对目标给体和受体部分进行筛选，并根据筛选出的目标给体和受体按照预设规则建立三维空间矩阵作为样本，根据已有知识，简化小分子和蛋白质结合时的分析模型，对样本引入先验知识，从而在后续模型训练时，可以通过较少的样本实现模型的训练，降低数据处理量以及训练过程耗费时长。
蛋白质分子样本生成结合能结合构象预测方法

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